当曹操的军队行进到荥阳汴水时，遭遇了董卓部将徐荣的阻击。一场激烈的战斗就此爆发，由于徐荣早有准备，曹操的军队陷入了苦战。战斗持续了一整天，曹操的军队渐渐不敌，士卒死伤惨重。在混战中，曹操不幸被流箭射中，他所骑的战马也身受重伤，行动艰难。关键时刻，曹操的堂弟曹洪挺身而出，他将自己的战马让给曹操，曹操这才得以趁着夜色突出重围，侥幸逃脱。徐荣见曹操所率领的兵力并不多，却能与自己的军队激战一整天，心中暗自思忖，觉得酸枣的防御必定十分坚固，不易攻打，于是也率军撤回。
曹操历经艰辛，终于抵达酸枣。此时，驻扎在酸枣的各路诸侯军队加起来多达十余万，可他们每日只知摆酒设宴，纵情享乐，根本没有进攻董卓的打算。曹操看到这种情形，心中既愤怒又失望，他严厉地斥责了这些诸侯：“诸位听听我的计策，让勃海太守袁绍率领河内的军队进逼孟津，酸枣的各位将领坚守成皋，占据敖仓，封锁轘辕、太谷等险要关隘，完全控制住这些战略要地；再让袁术将军率领南阳的军队进驻丹水、析县，攻入武关，以此来震慑三辅地区。我们只需高筑壁垒，深挖壕沟，不与董卓正面交锋，多布置疑兵，向天下展示我们的军威和正义之师的气势，凭借正义之师讨伐逆贼，如此一来，天下很快便能平定。如今我们凭借正义起兵，却因为犹豫不决而停滞不前，这让天下百姓大失所望，我真为诸位感到羞愧！”然而，张邈等人却对曹操的计策置若罔闻，依旧我行我素。
曹操深知，仅凭自己现有的兵力，根本无法与董卓抗衡。于是，他只好与夏侯惇等人前往扬州招募士兵。扬州刺史陈温、丹杨太守周昕被曹操的诚意和抱负所打动，拨给了他四千多名士兵。曹操带着这些新兵踏上归程，当军队行至龙亢时，却发生了意想不到的事情，许多士卒突然发动叛乱。据《魏书》记载，叛乱发生在夜里，叛军放火烧了曹操的营帐，曹操手持宝剑，奋勇杀敌，亲手斩杀了数十人，其余叛军见状，吓得纷纷逃窜，曹操这才得以逃出营帐。经过一番清点，发现没有参与叛乱的士兵仅有五百多人。曹操并未气馁，他继续率军前行，在铚县、建平县一带，又陆续招募到了一千多名士兵。随后，曹操率领着这支重新组建的军队进驻河内，等待着新的战机。
在各路诸侯讨伐董卓的局势逐渐陷入僵持之际，内部矛盾也开始显现出来。刘岱与桥瑁之间积怨已久，两人关系恶劣到了极点。终于，刘岱按捺不住心中的怒火，他不顾大局，毅然出手杀掉了桥瑁，随后擅自任命王肱为东郡太守，这一行为使得原本就不稳固的联盟更加摇摇欲坠。
与此同时，袁绍和韩馥又在暗中谋划着一件大事——他们企图拥立幽州牧刘虞为帝。袁绍认为，当今天子年幼，又被奸臣董卓掌控，不如另立刘虞，这样便能掌控局势，扩大自己的势力。于是，袁绍将这个想法告知曹操，希望能得到他的支持。曹操听后，坚决地拒绝了袁绍，他严肃地说道：“董卓的罪行，可谓是天下皆知，人神共愤。我们集结各路大军，发动正义之师，远近的豪杰纷纷响应，正是因为我们的行动顺应了正义。如今的皇帝虽然年幼势弱，受制于奸臣，但并没有像昌邑王那样犯下亡国的大错。在这种情况下，若是轻易地改立皇帝，天下百姓又怎能安心呢？你们若是要向北尊奉新帝，那我就独自向西，继续讨伐董卓。”后来，袁绍又得到了一枚玉印，在与曹操会面时，他故意在曹操面前举起玉印，似乎在暗示自己有称帝的野心。曹操看到这一幕，心中对袁绍的行为十分厌恶，只是无奈地笑着。《魏书》中记载，曹操当时大笑道：“我可不会听你的。”袁绍仍不死心，又派人去游说曹操：“如今袁公势力强盛，兵力雄厚，他的两个儿子也已长大成人，放眼天下的英雄豪杰，有谁能比得上袁公呢？”曹操对此不予回应，从那以后，曹操越发觉得袁绍行事不正直，心中也逐渐萌生出了想要除掉袁绍的想法。
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