但刘裕暗中与北府兵残余兵将取得联络，等待时机反攻桓玄。元兴三年（404 年）二月，刘裕以打猎为借口，聚集北府兵残余兵将一千七百余人，在京口举兵起义。他们歼灭了桓楚在京口的兵力，杀死桓修。众人推举刘裕为盟主，传布檄文至四方，各地纷纷响应。
桓玄得知刘裕起义的消息后，大为震惊，急忙派猛将吴甫之、皇甫敷抵御。三月，刘裕与吴甫之在江乘遭遇。吴甫之是桓玄的得力战将，勇冠三军。但刘裕毫不畏惧，手持长刀，冲入敌阵，左砍右杀，如入无人之境。他的勇猛鼓舞了士兵们的士气，众人奋勇杀敌，一举斩杀吴甫之。随后，刘裕又在罗落桥与皇甫敷相遇。皇甫敷率数千人将刘裕团团围住，但刘裕临危不惧，奋力拼杀。在战斗中，刘裕被敌军重重包围，情况十分危急。就在这时，刘裕的援军赶到，里应外合，击败敌军，斩杀皇甫敷。
接着，刘裕乘胜进军，直逼覆舟山。桓玄派桓谦、卞范之率领大军在覆舟山抵抗。此时，刘裕的军队人数较少，但士气高昂。刘裕采用疑兵之计，让士兵们在山上多插旗帜，迷惑敌军。桓谦等人以为刘裕的军队人数众多，心生怯意。刘裕趁机率领士兵们奋勇冲锋，喊杀声震天动地。桓谦的军队顿时大乱，纷纷溃逃。刘裕乘胜追击，攻入建康城。桓玄见大势已去，带着晋安帝仓皇出逃。
晋安帝在江陵复位，但桓氏势力仍盘踞在荆州并反攻江陵。直至义熙元年（405 年），晋军才成功收复江陵，驱逐了当地桓氏势力，迎安帝返回建康。至此，桓玄之乱被彻底平定，刘裕凭借卓越的军事才能和果断的决策，成为东晋朝廷的中流砥柱，进一步巩固了自己在朝中的地位。
3．统一南方的征程
平定桓玄之乱后，刘裕并未停下统一南方的脚步，他将目光投向了各个割据势力，凭借卓越的军事才能和战略智慧，逐一消灭对手，为南方的统一奠定了坚实基础。
义熙五年（409 年），刘裕决定北伐南燕。南燕主慕容超不断侵扰东晋边境，掳掠百姓，给边境地区带来了极大的破坏。刘裕认为时机已到，亲自率领大军出征。他采用了奇袭战术，率领军队越过天险大岘山。当军队成功越过这一险要之地后，刘裕信心大增，他深知此时士兵们有了必死的决心，且当地田野里的粮食也可解决军队的粮草问题。南燕军队没想到晋军会如此迅速地越过天险，顿时陷入慌乱。刘裕指挥军队迅速推进，先后攻克临胊等重要城池，随后将南燕都城广固城团团围住。在围城期间，刘裕一方面加强军事进攻，另一方面积极采取措施安抚百姓，争取民心，同时就地取粮，解决军队的后勤供应问题。慕容超向当时的强国后秦求救，但后秦的援军被刘裕部署的军队成功击退。最终，在义熙六年（410 年），刘裕攻破广固城，南燕灭亡。
然而，就在刘裕北伐南燕之时，盘踞岭南和番禺的卢循趁机派兵攻击江州。卢循是孙恩起义的余部，在岭南地区发展势力，拥有一定的军事力量。他趁东晋后方空虚，率领军队沿赣江北上，直逼建康。刘裕得知消息后，迅速做出反应。他一方面派遣水军袭取番禺，切断卢循的后路；另一方面率领主力部队迅速回师，正面攻打卢循。在东晋军的前后夹击之下，卢循的军队逐渐陷入困境。双方在长江沿线展开了多次激烈的战斗，刘裕凭借出色的指挥和军队的顽强作战，最终击败了卢循。卢循率领残部逃亡，后在交州被当地守军击败，投水而死。
义熙八年（412 年），刘裕将目标指向了占据荆州和豫州的刘毅。刘毅也是东晋的一位重要将领，在平定桓玄之乱中曾与刘裕并肩作战，但后来逐渐与刘裕产生矛盾，企图割据一方，与刘裕分庭抗礼。刘裕决定先发制人，亲自率领军队讨伐刘毅。他采用了声东击西的策略，表面上做出进攻其他方向的假象，实则暗中调集军队向荆州进发。当刘毅还未反应过来时，刘裕的军队已经兵临城下。经过一番激烈的战斗，刘毅战败，最终缢死于牛牧佛寺。
同年，刘裕派朱龄石攻打谯蜀。谯蜀是由谯纵在蜀地建立的割据政权，占据着益州等地。在战前，刘裕仔细分析了谯蜀的防御策略。他判断谯蜀可能会将重兵集中在涪城和黄虎等地，于是做出了正确的决策：以大军从外水进攻成都，同时派出疑兵从内水佯攻。朱龄石按照刘裕的部署，率领军队迅速出击。谯蜀的军队果然被刘裕的疑兵所迷惑，将主力调往内水。朱龄石趁机率领大军从外水直逼成都，最终成功灭掉谯蜀，占领蜀地。
义熙十一年（415 年），刘裕又对司马休之发动了进攻。司马休之是东晋宗室，在荆州地区拥有一定的势力。他对刘裕的专权不满，企图联合其他势力反抗刘裕。刘裕亲自率领军队讨伐司马休之。在战斗中，刘裕充分发挥军队的优势，采用灵活多变的战术，先后击败司马休之的军队。司马休之被迫逃往北方，投靠后秦。
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