随着寄生天使的死亡，零号机周身的暗紫色火焰也开始缓缓熄灭。火焰逐渐退去，露出了零号机那原本的机体。
然而，此时的零号机已经不再是原来的模样，它身上的蓝色装甲竟然染上了一抹紫意，变成了蓝紫色，仿佛被那暗紫色的火焰所侵蚀。
看着变成了机体颜色变成了蓝紫色的零号机，真嗣通过通讯频道试探性的呼唤道“绫波，能听到吗？”
零号机如同沉睡中的巨兽一般，毫无反应，完全无视了真嗣焦急的呼喊。
一旁的明日香早已按捺不住内心的烦躁，她怒声呵斥道：“喂，笨蛋真嗣，给我闭嘴！安静一点行不行啊！”
真嗣被明日香的吼声吓得浑身一颤，他像一只受惊的鹌鹑一样，立刻紧闭双唇，不敢再发出一丝声音。
见真嗣终于安静下来，明日香迅速接通了与指挥室的通讯，急切地问道：“指挥室，这里是二号机驾驶员明日香，请问零号机体内是否还有使徒的信号存在？”
葛城美里的声音从通讯器中传来：“根据我们的监测，使徒的信号已经完全消失了。就在零号机被那诡异的蓝紫色火焰笼罩的瞬间，使徒的信号就开始急速衰减，直至彻底消失。所以，零号机应该已经恢复正常了。”
然而，葛城美里并未将一个重要的情况告诉明日香——就在零号机身上燃起蓝紫色火焰的那一刻，绫波丽与零号机之间的同步率突然飙升，远远超出了正常的警戒线。
在过去的某个时刻，EVA机体和驾驶员之间的同步率曾经超出过警戒线，而这一事件的主角正是真嗣的母亲碇唯。当时，她正在对初号机进行启动测试，然而，这一次却引发了一场重大事故。
在那次测试中，碇唯驾驶着初号机，同步率不断攀升，最终超出了警戒线。令人震惊的是，这一异常情况导致了碇唯与初号机的融合，她的身体竟然成为了初号机的一部分。
如今，历史似乎在重演，同步率超出警戒线的情况再次出现，而这一次的受害者是绫波丽。这意味着她的AT立场已经被零号机的AT立场所兼容，她的肉体和EVA机体之间的界限已经模糊不清。
换句话说，绫波丽现在已经不再是一个独立的个体，而是与零号机融为一体，两者紧密相连，无法分割。
这种状态使得她无法通过通讯频道接收指挥室的呼唤，因为她已经与零号机合二为一，通讯频道对她来说已经失去了意义。
之所以不告诉真嗣和明日香，其实原因一共有两点。
一方面，葛城美里深知这件事对他们来说是一个沉重的打击，她实在不忍心看到他们因此而受到伤害。
另一方面，她也需要时间来思考如何处理这个棘手的情况，以及如何向他们解释这一切。
就在葛城美里话音刚落的瞬间，明日香立刻敏锐地察觉到了其中的端倪，她毫不客气地追问道：“你确定零号机已经恢复正常了？那为什么绫波丽没有回应？”
面对明日香如此尖锐的问题，葛城美里一时之间竟然有些语塞。她原本准备好的一些说辞，在这一刻似乎都变得苍白无力。
然而，还没等她想出一个合适的借口来应付明日香，一个意想不到的情况发生了。
只见零号机原本高举过头顶的右手，突然间像是失去了所有的力量一般，顺着重力缓缓垂下。
紧接着，整个机体就如同被抽走了支撑身体的骨头一样，毫无征兆地直挺挺地倒在了地上。
这突如其来的一幕让在场的所有人都惊呆了，尤其是真嗣。他心急如焚地呼喊着绫波丽的名字，声音中充满了焦虑和担忧。
与此同时，他毫不犹豫地驾驶着初号机，风驰电掣般地赶到了零号机的身旁。
眼见瞒不住了，葛城美里无奈地叹了口气，然后果断地下达命令，让驾驶员驾驶 EVA 机体返回机库。
接到命令后，驾驶员迅速操纵着 EVA 机体，朝着机库的方向驶去。
与此同时，后勤部门也迅速行动起来，他们驾驶着各种车辆和设备，朝着倒地不起的零号机疾驰而去。
很快，零号机就被运回了机库。在机库中，初号机和二号机早已被固定在拘束器上，它们的背部装甲开启，插入栓从机体中缓缓弹出。
随着插入栓中的 LCL 液体逐渐排空，明日香和真嗣在技术员的帮助下，小心翼翼地从插入栓中钻了出来。
真嗣一从插入栓中出来，便迫不及待地直奔零号机所在的机库。他心中充满了担忧，不知道绫波丽现在的状况如何。
零号机的机库中，转变成蓝紫色的零号机静静地躺在那里，被固定在一个犹如巨大十字架的拘束器上。
它的插入栓从零号机的后颈部弹出，里面的 LCL 液体也正在慢慢排空。
当真嗣赶到时，零号机的插入栓已经快要排空 LCL 液体，即将开启。
就在真嗣满心欢喜地以为自己终于能够再次见到绫波丽时，眼前的景象却如同一道晴天霹雳，让他瞬间呆若木鸡。
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