稳固南境
永元四年（公元92年）冬，溇中、澧中蛮潭戎等叛乱，燔烧邮亭，杀掠官民，郡兵将其击降[] 。永元五年（公元93年），武陵郡兵大破武陵蛮[] 。永元十三年（公元101年）十二月，巫蛮叛乱，攻南郡，永元十四年（公元102年）四月，刘肇派使者都督荆州兵迫降巫蛮[] 。
此外，永元十二年（公元100年）四月，日南郡象林县“蛮夷”二千余人寇掠百姓，燔烧官寺。郡县发兵讨击，斩其统帅，余众乃降。刘肇于永元十四年（公元102年）五月设置象林将兵长史，以防其患。[]
文化
续成汉书
刘肇得知班昭博古通今、学识过人，便下令班昭续写《汉书》，并允许她到皇家东观藏书阁内查阅史料，完成了中国第一部断代史《汉书》的编撰。[
兴办女学
刘肇多次召班昭入宫，为宫里的后妃讲学，后妃们敬仰她的学识，尊称她为“大家”。[] 其中，邓绥除了跟从班昭学习经书外，还兼修天文、算数。[]
定型汉字
刘肇发现五经的解说有异义，而且在文字书写上也不一样，便命贾逵修理旧文字，于是永元八年（公元96年）许慎采集史籀、李斯、扬雄的书，广泛访问民间，请贾逵考证，历经二十多年撰写《说文解字》一书[] ，直至汉安帝建光元年（公元121年）着成并献于朝廷[] 。《说文解字》号称世界第一部字典[] ，为汉字建立了理论体系，开创了部首检字法的先河，对后世影响深远[] 。
永元十三年（公元101年），刘肇亲自到东观，阅览书林典籍，广选有技艺的人到东观任职。[] 刘肇还让左右近臣皆诵读诗书，宫中尚学之风浓厚。
改革策试
在东汉的察举制中，人才多源，但公、私学校出身的经生是主要来源。其中，太学是最重要人才培养机构。太学生的素质会直接影响察举人才的素质，故若要从源头上保证人才选举不乖实，则首先需革除太学积弊。[]
永元十四年（公元102年）十一月，司空徐防针对太学的情况提出了策问改革的建议。他上书批评太学学风“不依章句，妄生穿凿，以遵师为非义，意说为得理”。而“私相容隐，开生奸路”的情况更加重了太学的浑浊。基于此，徐防建议改变博士策问的内容：“臣以为博士及甲乙策试，宜从其家章句，开五十难以试之。”刘肇采纳了他的建议。[]
这一被称为“永元改革”的变革推行后，太学策试的形式应该发生了较大变化，开始侧重章句家法。这项改革深刻地改变了当时的学术形态，使得经书文本开始标准化，新型的小章句形式的经注开始流行，经注开始注重内在统一性和体系性。[]
推行汉礼
元和三年（公元86年）博士曹褒上疏请定汉礼，称“宜定文制，着成汉礼”；但太常巢堪认为“一世大典，非褒所定，不可许。”但汉章帝仍拜曹褒侍中，准其奏请。次年（公元87年）曹褒遵照旧典，杂以《五经》《谶记》之文，撰次天子至于庶人冠、婚、吉、凶终始制度凡一百五十篇，上奏朝廷。汉章帝采纳。
永元三年（公元91年）春，正月，甲子，汉和帝刘肈正式采用曹褒新礼，加元服；同时提拔曹褒为监羽林左骑。
科技
改进军械
刘肇即位后，任命蔡伦为尚方令，主管皇宫制造业，并于永元九年（公元97年）监作秘剑及各种器械，无不精致工巧、坚固致密，被后世效仿。蔡伦大幅度改进了制作工艺，达到极高水准，并长期居于技术的顶峰。后来崔寔在《政论》中写道：“有蔡太仆之弩（十字弓），及龙亭九年之剑，至今擅名天下。”[] []
改进漏刻，统一时间
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