大西军与大乾联合抗清后，原属大西军的将军李定国，身份转为大乾的将军，他所统领的部队，也随之成为大乾的军队。
永历六年初，清廷下令孔有德从广西、吴三桂从四川出兵，两路夹击，大举进攻贵州。
同年三月，李定国在云南昆明誓师出征。大军经贵州进入清军占领的湖南后，连战连捷，先后攻克沅州、靖州、武冈等州县，直至宝庆府。镇守宝庆的清将沈永忠难以抵挡李定国大军，弃城而逃，李定国顺利攻占宝庆府。进攻贵州的孔有德得知消息，急忙回师守卫桂林。
六月，李定国率军攻克全州，不久便兵临桂林城下并将其围困。七月初四，桂林被收复，镇守桂林的孔有德走投无路，自焚而死。李定国入城后，诛杀孔有德全家，除年仅十八岁的女儿孔四贞侥幸逃出桂林外，其余一百二十余口不论男女老幼皆未能幸免。此后，孔四贞一路颠沛流离，历经千辛万苦，最终来到了大清的国都北京。
昭圣皇太后听闻她的悲惨遭遇后，心生怜悯，于是将其收为养女，并且封为和硕格格。
当时，秦良玉正率部在广西深山中与清军周旋。因清军实力强盛，秦良玉数次作战失利，甚至几度阵亡。
但每一次她都能奇迹般地复活过来，继续领导她的部队与清军作战。
这种顽强的生命力和不屈不挠的精神，让秦良玉的士兵们对她充满了敬畏和钦佩。他们坚信只要有秦良玉在，他们就一定能够战胜敌人。
就在秦良玉与清军苦苦周旋之际，一个好消息传来——李定国率大军进入了广西。秦良玉得知这个消息后，心中顿时燃起了希望的火焰。她知道，援军终于来了！
于是，秦良玉毫不犹豫地领兵出山，与李定国的大军会合。两支队伍合兵一处，士气大振，开始对清军展开大规模的反攻。
永历六年六月，清军接连攻占高州府、廉州府、雷州府与琼州府。
面对这股攻势，身处海南岛的大乾将军杜永和决定降清，一同在当地的吴文献、江槱等一众大乾官员也随其投降。
四府沦陷后，巡抚张孝起逃往龙门岛，清军旋即攻陷该岛并将其擒杀。
此外，时年九十八岁、早已退休的前任廉州知府凌云翼，在廉州城破后遭清军杀害。凌云翼身为大乾昭熙帝龙小羽后妃凌麦穗的父亲，虽年事已高，仍心怀家国，愿为大乾抵御清军、守卫疆土，最终以身殉国。
永历六年六月初六，苏清雪为林翔诞下一子，取名林瑞祥。
李定国与秦良玉合兵后，战力大增，先是收复广西全境，继而挥师北上，攻入湖南，一路上，军队锐不可当，连克数座城池。
永历六年十一月，李定国和秦良玉在衡州之战中重创清军主力，阵斩敬瑾亲王尼堪，顺势收复了湖南大部分地区。
永历七年，二人率军出征广东。大军初期进展顺利，成功收复了部分失地，然而在后续进攻新会时，却遭遇了清军的顽强抵抗，先后三次围攻新会均未能攻克。
大乾军队不仅损失惨重，而且士气也受到了极大的影响。
面对如此艰难的局面，李定国和秦良玉经过深思熟虑，最终决定退兵，前往南宁进行休整。
永历九年八月，永历帝龙邦济不堪忍受孙可望的骄横跋扈，授意朝臣吴贞毓联合其他对孙可望不满的大臣，暗中召李定国前来护驾。不料此事泄露，孙可望震怒之下，将吴贞毓等参与其中的十八位朝臣全部凌迟处死。
永历九年十二月初五，李定国率军从南宁启程，北上安龙府救驾，秦良玉则留镇南宁，稳固后方；十年正月二十二日，大军抵达安龙府。
随后，李定国亲自护送永历帝前往云南昆明，同年三月初六，永历帝安全抵达昆明。
另一边，因李定国大军北上，清军趁机反扑，大举进犯广西。一时间，广西各地接连沦陷，唯有秦良玉镇守的南宁，没有被清军攻破。
永历十一年九月，孙可望率大军进攻昆明，李定国率军迎敌，双方在曲靖展开激战。关键时刻，孙可望的部将白文选临阵倒戈，紧接着，其他士兵也纷纷效仿他，倒向了李定国的阵营。孙可望眼见大势已去，只得率领着仅存的十余骑仓皇逃走。
十月，孙可望降清。
同年十二月，清军攻占南宁。
秦良玉坚守南宁已有两年之久，但最终还是无法抵挡清军的猛烈攻势，城池沦陷。至此，广西全境再次被清军占领。
城破之际，秦良玉力战殉国，却如过往那般再度复活。醒来时，残城已被清军接管，她当即收拢散兵，退入周边山林，以游击之策继续对抗清军。
永历十二年二月，清军吴三桂部、瓜尔佳·卓布泰部、爱新觉罗·洛讬部三路大军攻贵州，一路推进顺利，四月占贵阳、六月取遵义，逐步控制贵州各地。十月，爱新觉罗·多尼率军来援，四路清军于贵阳会合。
十一月，洛讬部清军留守贵阳，其余三路清军入攻云南。
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