尽管朱载坖之前对于内阁进行了一定程度的规范，同时也确定了内阁作为朝廷的决策机构这一重要地位，但是内阁仍然和前代的宰执机构是有很大的区别的，首先就权力上的区别，内阁的所有权力都来自于皇帝的授予，而不是制度所决定的。
如唐宋的政事堂和中书门下，是很典型的宰执机构，其基本特征是宰相有了裁决政务的常设机构，中书门下或者是政事堂成为最高决策兼行政机关，超然于三省之上。政事堂号中书门下，列五房于其后：一曰吏房，二曰枢机房，三曰礼房，四曰户房，五曰刑礼房，分曹以主众务焉。
而内阁并没有这么多的僚属，而且也不能直接处理政务，原本唐宋宰执的权力实际上被分成了两个部分，也就是内阁的票拟和司礼监的批红，内阁拟票之后，必须要司礼监批红之后才能够生效，所以内阁的权力比之政事堂或者是中书门下来说，其实是非常之小的。
朱载坖和太子说起此事的原因就是很简单的一个问题，大明需要一个什么样的内阁，这是朱载坖一直在思考的问题，从大明的法理来说，对于内阁的定位是辅臣，也就是辅佐皇帝处理政务的臣子，并非宰执，因为太祖皇帝有过祖训，大明是绝对不会设立宰相的。
这个祖训主要是为了防止出现权臣，但是从实际情况来看，并没有什么卵用，这个祖训最大的目的就是使得部院有理由对内阁加以诘问，很多时候，这个祖训就是部院和内阁斗争的有力武器。
朱载坖认为，现在的内阁制度有三个极为要命的缺陷，第一就是阁部冲突严重，历代及本朝初年，六部均隶属于丞相，凡事必须秉承宰相的意志，自撤中书省、提高六部品秩后，六部变成直接对皇帝负责，职权完整，而且最开始在阁之上。
但随着内阁品位的提高，又有票拟权，内阁比六部更接近皇帝，部权便在不同时候、不同程度上为内阁所侵。但是，内阁毕竟不同于中书省。
从制度上说，六部不必听命于内阁，而内阁则“凡百政事，非下部必不可行，不能行”。于是内阁借位尊势崇而力图控制六部，六部则钻内阁没有法定地位和权力的空子，力图摆脱控制。因而阁部经常争权，尤其是争夺人事权。
即便是在朱载坖改革之后，加重了内阁的权力，但是内阁仍旧无法完全控制部院，部院和内阁之间的因为权力仍旧是时常予以斗争，内阁与部院的这种职权界限不清，工作上彼此失调，大大影响了朝廷的行政效率。在客观上，则有利于阉宦的擅权乱政。
第二点就是内阁和司礼监的斗争，内阁有票拟权，司礼监有批朱权，是内外相维的双轨制。在制定这个制度的时候，本意是为了互相制约，既防止出现权臣，也防止出现权宦。
但双方地位的特殊性使内阁难以与司礼监抗衡，双方权力的大小，又是以皇帝的向背为转移而互相成比，因此，他们之间不可能有真正的相维相济，而只能有对权力的激烈争夺。皇帝宠信太监时，司礼监尽夺内阁权力，而即便是在嘉靖朝这样的阉宦势力受到极大的抑制的时代。
黄锦、麦福等大太监依然有着极为强大的影响力，严嵩、徐阶等人是不敢轻易得罪他的。
第三点就是可能加剧朋党还有内阁和科道的对立，加剧朋党主要是由于内阁阁臣之间的倾轧所导致的，阁臣间的倾轧主要是由于阁臣的任用、权力大小、去留，均没有明确规定，又由于首辅与次辅间权力悬殊，在隆庆以前一直无明确的职责分工。
所以阁臣间争夺权势的斗争激烈，尤其是“嘉靖以来之首辅，莫不由倾轧排挤而得之”，如严嵩拉拢科道弹劾翟銮，使翟被“削籍为氓”。严嵩与夏言互相排挤，致夏言被弃市。
而科道和内阁的对立也是加剧朋党的一个重要因素，因为内阁和部院之间争夺权力，主要就是通过科道来进行的，双方都把科道作为有力的武器，互相之间进行攻讦，同时阁臣之间的互相倾轧也常常利用科道，这点都是朱载坖极为担忧的。
所以对于朱载坖来说，这次由于京察大计而引发的阁部冲突，其实是大明内部深层次矛盾的一个表现罢了，作为皇帝，必须有见微知着的能力，发现祸患并且能够及时及时处理，这点才是皇帝的主要作用。
太子自然也是很清楚其中的利害的，朱载坖自从退居西苑以来，很少干预日常政务了，但是这次朱载坖不仅仅是极为重视，甚至是主动的参与，可见朱载坖对于此事的重视。
朱载坖认为借由此事，必须要解决的是三个问题，第一就是监察官员行政化的问题，这点是抑制地方势力做大，防止出现藩镇的重要举措。
第二就是要明确内阁与部院的权责，借由此次京察大计的阁部矛盾，理顺内阁和部院各自的执掌，提高大明的行政效率。
第三就是要对于朋党加以抑制，这也是朱载坖最重视的问题，前面两个事情，由太子领导内阁拟定详细的章程，但是最后一件事情，朱载坖必须亲自过问才行，王锡爵在第一次召对中就明确提出朋党之害，朱载坖也深以为然。
臣僚互斗，胜败无准，因为他们之间多是权力之争或意气之争，进而党同伐异，结为朋党，并无多少原则性的是非可言。他们的争端，并非关系国计民生的大政，而往往是凭借细事，小题大作，以至无事生非。臣僚间相互攻击又相互报复，只会使得朝政日益陷于昏乱之中。
所以朱载坖认为，对于这个苗头，必须予以严厉打击才行，不能够有任何的宽贷，此事朱载坖主要准备和王锡爵相商量。
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