而且在官场上，由于申时行等人担任首辅或者是吏部要职，使得在在官员的任命上也是不可避免的倾向于南直出身的官员，而在赵志皋署吏部事之后，原本浙江官员们认为自己好不容易能够出头了，但是实际上远不是如此，由于赵志皋性格比较温和，申时行和王锡爵又都是比较强势的阁臣，反而出现内阁力压吏部的情况，这就使得浙江官员不能忍受的。
这次借由京察大计，在沈一贯的暗中操作下，浙江官员们主动挑事，想要扳倒申时行，申时行对于这些事情自然是很清楚的，这次沈一贯在背后搞得这些小动作，申时行怎么会知道，但是申时行选择充耳不闻，原因主要有两个，第一就是申时行很清楚朱载坖发起这次京察大计的目的，不是让官员们斗争的，而是为了权力交接所做的准备。
这下中下级官员不谙事体，上疏搞事情朱载坖未必会计较，但是申时行这样的内阁辅臣也参与进来的话，必然是会招致朱载坖的打击的。
除此之外，申时行也萌生了去任的想法，申时行在内阁时间不短了，他很清楚，在内阁越久，积怨就越深，应该及早离开才是正道，所以申时行也有放任此事发酵，自己就坡下驴请求致仕的想法。
同时朝廷内部现在斗争也更加激烈了，申时行认为现在朝廷需要一个更加强势的首辅才行，尤其是在可能出现的权力交接这个问题上，更加需要的是强势的首辅才能够稳定住局面，这点是申时行很清楚的。
所以面对这些官员的弹劾，申时行向朱载坖上疏请求致仕，朱载坖照例予以慰问，要求申时行视事，但是这次申时行坚辞不出，请求朱载坖批准致仕，朱载坖于是召申时行到西苑来。
朱载坖在无逸殿召见了申时行，朱载坖问道：“申阁老何以求去？”
申时行坦然说道：“陛下，阁臣重任，久之必遭怨恨，如不早退，诚恐为他人所笑也。”
对于最近朝廷上的这些事情，朱载坖自然是很清楚的，朱载坖也是在有意的放纵此事，浙江官员的跳反，对于朱载坖来说并不是一个坏事，反而是一件好事，原本实力强大的浙直官僚团体分崩离析，对于皇帝来说。这样自然是有很大的好处的。
申时行诚恳的对朱载坖说道：“陛下，臣备位辅臣，已十年有余，现今衰朽，不堪趋使，故而特乞骸骨。伏祈陛下恩准。”
对于申时行的这个要求，朱载坖并非不能同意，甚是担任首辅确实是时间不短的，更易首辅，并非不是不可行的事情，对于朱载坖来说，更易首辅是可行的，但是怎么样保证朝廷在权力交接下的稳定，这点是一个极为重要的事情，所以朱载坖问道：“先生去后，谁可继之？”
申时行赶紧说道：“王元驭老成纯臣，可寄大任！”
申时行自然是借此机会向朱载坖推荐王锡爵，对于申时行的推荐，朱载坖是毫不意外的，王锡爵和申时行关系亲密，又同时苏州老乡，而且现在又是次辅，申时行在这个时候自然是要向朱载坖推荐王锡爵了，朱载坖也认为王锡爵还是极有能力的，尤其是和申时行的温润不同，王锡爵刚直，这点正是朱载坖所需要的。
不过朱载坖也问道：“王元驭负气刚直，恐需从旁辅助才行。”这点朱载坖是很清楚的，王锡爵这点，自视清高，脾气极为不好，在朝廷的人缘尤其是在科道官之中的人缘是极为不好的，内阁还需要一个能够在其中充当润滑剂才行，这点是极为重要的。
一旦申时行去位，王锡爵继任首辅的话，现在内阁辅臣就是王锡爵、罗万化、沈一贯、陈于陛、沈鲤、王家屏、于慎行等人，于慎行督师南京，沈一贯监修国史，实际上在阁辅政的就是王锡爵、罗万化、陈于陛、沈鲤和王家屏五人了，这个内阁班子是有些问题的。
首先就是王锡爵，王锡爵自然是有才干的，他曾经公开自己的政治纲领，就是：锐意思治，勤政宽仁，协和上下，整顿吏治，肃清政风，改善民生，使天下得以大治，万民得以安身。
但是王锡爵狷介，罗万化又是一个沉默寡言，做好自己分内事情，不愿过多的干预朝廷斗争的事情，陈于陛等人则是在朝廷上的力量不足，难以处理这种问题，而王家屏、沈鲤的性格也是极为刚直的，沈一贯又过于阴柔了，所以现在内阁需要一个能够在其中调和鼎镬的大臣才行。
面对朱载坖的这个要求，申时行思索了一下之后，向朱载坖推荐了现任礼部左侍郎、翰林学士掌院事朱赓，申时行认为朱赓醇谨持重，能够在内阁之中缓和矛盾，使得内阁能够和睦，朱载坖当然知道申时行的想法，同时朱载坖也确实是有意更易首辅，申时行辅政的这些年，虽然大体上依旧延续之前高、张的改革措施，但是由于申时行本人的性格特点，对于一些申时行认为无伤大雅的事情，申时行往往没有从严究治。
这就使得官场风气又有松散懈怠的情况的，所以朱载坖需要一个作风严厉的首辅，再次对于这些官员予以整顿，在这种情况下，王锡爵确实是一个不错的人选。
不过申时行毕竟还不老，还是有他的用处的，所以朱载坖要求申时行在致仕之后继续担任咨议正卿，和杨俊民一道负责大明咨议院和各级咨议机构的建立，申时行长袖善舞的性格特点和十年首辅的威望，可以很好的帮助朝廷建立起咨议体系。
所以朱载坖随后下旨，建极殿大学士申时行加左柱国、少师兼太子太师，特进光禄大夫，致仕，加顾问咨询大臣兼咨议正卿，掌咨议院事，王锡爵升任建极殿大学士，其余各位辅臣，都循例予以晋升。
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