除了要处理这些上疏的官员，还有翰林院的长官们也要予以处分，王祖嫡作为翰林院的属官，翰林院的长官们平时就没有教导好，也要受到处分，同时一人生病，全家吃药，翰林院风气不正，全体官员一律受罚。
朱载坖下诏，翰林学士掌院事陈思远革职留任，罚俸半年以观后效，翰林院的全体官员罚俸一月，其余上疏申救王祖嫡官员所在衙门的正印也都遭到惩处。
朱载坖在诏书中明确说明了一点，从正德嘉靖以来，朝廷体统不存，小臣放肆妄言，部院重臣受制于所谓舆论，不敢对这些小臣予以处分，朱载坖认为这是极为可笑的事情，朝廷体统不存，大臣威严扫地，朱载坖明确在诏书中说明，小臣肆意攀咬，或者充当朋党鹰犬的，一经发现，追毁出身以来文字，三代不允许参加科举。
即便是科道言官，上疏参劾，也必须言之有物，风闻言事，必将受到惩罚。
同时朱载坖升海瑞为左都御史，从一个举人成为执掌大明风宪的左都御史，海瑞成为英宗朝之后第一个以举人身份跻身正二品部院大臣的人，海瑞上任之后，就向朱载坖上疏了。
海瑞向朱载坖上了一份很长的奏疏，里面是海瑞对于朝廷监察工作的办法，之前张居正已经上疏要求实行考成法，朱载坖也将张居正的奏疏下部院和内阁商量，海瑞认为考成法是应该实施的，但是要让都察院实施考成法，还需要对都察院予以改革。
首先是监察御史的人数，现有的十三道御史显然不足以对于大明各地各衙门进行监察，海瑞首先请求增加监察御史的数量，从熟悉政务的州县官员中考选御史，补充进入都察院。还有就是现在都察院要审计的账目实在是太多了，需要大量的算学人才，海瑞请求将国子监算学科毕业的生员优先补入都察院审计司中。
然后就是对都察院权力的扩张，海瑞认为，朱载坖现在不允许科道御史风闻言事，要求御史劾奏官员必须要言之有物，这是正确的，但是御史们要监察地方官府和朝廷的众多官员，没有足够的权力显然是不行的，所以海瑞请求朱载坖赋予御史们权力，尤其是对掌握证据之后对地方官员采取措施的权力，还有调阅各衙门账目的权力。
最后海瑞要求实行考成法，同时针对各部院各职务制定考成标准，依照考成的结果来决定官员的升迁罢黜。
朱载坖收到海瑞的奏疏之后，御批道：“此议可行，着内阁与各部院商议。”
然后朱载坖先是处理大明国史的问题，陈以勤和潘晟、王世贞向朱载坖列了一个详细的国史大纲，将大明国史在编撰过程中的一些重要问题要说明，当然朱载坖最关心的就是靖难和大礼议部分，陈以勤等人详细向朱载坖说明了国史的编撰思路。
就靖难而言，陈以勤等人基本上是以奉天靖难纪作为对于靖难时期各种事情的记述原则，这点朱载坖是认同的，不过在靖难的原因上，朱载坖和陈以勤等人有一点区别，以往的说法都是少帝昏聩，要大肆屠灭藩王，成祖不得已以太祖祖制起兵靖难，一匡天下。
朱载坖则认为要将少帝在太祖驾崩之后种种不合礼法的举动都要写进去，还有齐泰、黄子澄、方孝孺等人的丑态也都写进去，朱载坖认为少帝不是没有忠良，他是有而不能用，盛庸、平安、铁铉、瞿能、徐辉祖，哪个不是忠臣良将？但凡少帝能够信重他们，何至于斯？
所以成祖为什么靖难？是因为当时的朝廷已经是昏君佞臣，国事日非了，不仅成祖本人的安危存亡在一线之间，太祖所创立的大明基业也在一线之间了，所以成祖才奉太祖之遗意，起兵靖难，非为朱家一姓之尊荣，实为大明千秋之基业也！
朱载坖认为，是要对部分少帝臣子寄予同情，但是不是同情齐泰、黄子澄、方孝孺等人，他们是祸国乱首，真正值得同情的是盛庸、平安、铁铉、瞿能、徐辉祖等人，他们忠臣良将不能得遇明主，令人扼腕叹息。这才是值得同情的。将少帝与其亲信的昏聩和这些忠臣良将有志不能申，有才不能用两相比较，才能明白成祖靖难之意。
至于世宗睿宗的世系问题，朱载坖认为在嘉靖朝已经有过很明确的讨论了，朱载坖只重申一点，世宗是奉武宗皇帝遗诏继位的，武宗遗诏是怎么说的？
遗诏原文是：“皇考孝宗敬皇帝亲弟,兴献王长子厚熜聪明仁孝,德器夙成,伦序当立,已遵奉祖训兄终弟及之文,告于宗庙,请于慈寿皇太后与内外文武群臣合谋同辞,即日遣官迎取来京,嗣皇帝位。”
也就是说世宗是以兄终弟及继位的，也就是说，孝宗一脉到武宗已经绝嗣了，睿宗、世宗是继承的宪宗的法统，这本来是毋庸讳言的，但是怎奈当时朝廷有奸臣，想要行司马懿之事，世宗不得已奋祖宗之余烈，幸赖朝廷忠良如张璁、桂萼、顾鼎臣等人的帮助，得正大礼，以靖天下。
在国史的编撰中，要重点说明世宗的不得已，若是奸谋深远，危及大明，世宗何必以此天下所共知之事，再三申明，实在是当时的朝堂，奸党横行，社稷有累卵之危，百姓有倒悬之苦。
而陈以勤等人也提出了一个建议，就是景泰帝蒙宪宗上谕，已经恢复帝号和谥号，但是尚未给予庙号，眼下要编撰国史，景泰皇帝虽有帝号，而无庙号，就在皇帝中显得很特别，所以陈以勤承认请求朱载坖给景泰皇帝上庙号。
反正即便是上了庙号，景泰皇帝也只能到祧庙中和英宗肩并肩，并不影响宗庙的实际顺序，朱载坖于是命令内阁和礼部商量此事，若是可行，上奏朱载坖圣裁。
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