然而，因为伊菲美拉的活动范围已接近政府的计算机集中管理设施，综合防卫军决定消灭伊菲美拉，出动战斗机编队用导弹轰炸怪兽。伊菲美拉为了保护卵而承受着导弹的轰炸和焚烧，幸好春野武藏变身为高斯奥特曼及时登场，将大火扑灭。伊菲美拉一开始认为高斯也是敌人，于是用破坏光线攻击高斯，确认高斯没有敌意之后，奄奄一息的伊菲美拉才停止行动，在高斯的守护之下迎来寿命的终结。 事件结束之后，伊菲美拉的遗体被高斯带走；而它产下的怪兽卵，则被TEAM EYES（青年精英队）送到镝矢诸岛进行保护，静静等待500年后的孵化。
古代怪兽卡尔巴斯，从古代起就存在的一种地球原生怪兽，性格温顺，TEAM EYES（青年精英队）曾经保护过卡尔巴斯的同种族个体，加之通常在地底活动，所以和人类的接触也相对较少。但是，邪恶宇宙生命体乌罗加为了入侵地球，找到了沉睡在地底的卡尔巴斯，将调制器植入卡尔巴斯的脑内，卡尔巴斯因此凶暴化。 受到乌罗加的控制，卡尔巴斯在三河市（M-3地区）出现，一路朝着市中心破坏而去。因为卡尔巴斯本身性格柔和，突然进行这样狂暴的破坏行动，TEAM EYES觉察情况异常后紧急赶往现场，但因为乌罗加的手段，导致EYES的战斗机设备失控，无法进行捕获。于是，春野武藏变身为高斯奥特曼登场，阻止卡尔巴斯前进，但是凶暴化的卡尔巴斯展现出强大的攻击力，高斯（月神模式）一时之间难以招架，更被卡尔巴斯的火焰球重创倒地。最后，在防卫军坦克部队的攻击下，卡尔巴斯遁入地底逃走。 不久后，因为脑内的调制器受到G3地区的能量工厂涡轮发出的高周波刺激，卡尔巴斯再次来到地面，朝着能量工厂进发。尽管途中遭到防卫军坦克部队的阻击，但卡尔巴斯依旧继续朝着能量工厂进发，直到TEAM EYES和黑崎蕾妮设法关闭了能量工厂涡轮、高周波停止之后，调制器效果减弱，卡尔巴斯才恢复了原本的温顺的性格，并停止前进。 在阴谋失败后，乌罗加想要消灭卡尔巴斯，但被高斯（月神模式）及时阻止。卡尔巴斯在获救后逃离了现场，回到地底隐匿。
乌罗加，企图灭亡人类的邪恶外星人，为了灭亡人类而来到地球，利用怪兽造成的实际破坏来进行心理战，在人类的内心植入对怪兽的恐惧心，并逐步将这种思维引导扩展为“对人类有威胁的其他生物全部消灭”的敌意，让人类走上自我灭亡的道路。 在进入地球后，乌罗加就用调制器·生物芯片控制古代怪兽卡尔巴斯。另一方面，为了确保阴谋顺利，乌罗加还用生物芯片复活了四年前死于宇宙空间站建设事故的黑崎蕾妮，消除其记忆后假意进行追杀，吸引TEAM EYES解救蕾妮。在蕾妮被EYES带入基地进行救治时，乌罗加植入的生物芯片发挥作用，释放电脑病毒干扰EYES的所有电子设施运作，使得EYES的武器和控制系统几乎瘫痪。
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