至此哥白尼为了方便研究，他就特意选择了教堂围墙上面的箭楼做宿舍兼工作室，他在里面设置了一个小小的天文台，用自制的简陋仪器，开始了他长达三十年的天体观测。正是在这里，他写下了震惊世界的巨着《天体运行论》，而其中选用的二十七个观测事例，有二十五个是他在这个箭楼上观测记录的。
《天体运行论》一共有六卷，在书中，哥白尼大胆的提出：太阳是宇宙的中心，所有的行星都围绕着太阳转。地球不是宇宙的中心，而是绕着太阳运转的一颗普通行星。人们看到的太阳由东向西运行，是因为地球每昼夜自传一周的缘故，而不是太阳在移动。天上的星体不断移动，是因为地球本身在转动，而不是星体围绕着静止不动的地球在转动。火星、木星有时候在天空中顺行，有时候逆行，是因为它们依自己的轨道绕太阳转动，而不是因为它们的行踪诡秘。月亮是地球的卫星，一个月绕地球转一周。
哥白尼的太阳中心说，科学地阐明了天体运行的现象，推翻了长期以来居住统治地位的地球中心说，从根本上否定了基督教关于神创造世界的一切谬论。尽管他的学说仍然坚持宇宙中心和宇宙有限，但却把天文学说从宗教神学的束缚中解放了出来，实现了天文学根本的变革，所以这对于我们整个人类的科学历史而论，是具有划时代的意义。
当然哥白尼的学说是在攻击教会，是在质疑教会，所以这本伟大的着作面世确是相当的曲折。哥白尼他自己也是深深的了解到了他自己学说的颠覆性影响，慑于教会的强大力量，他迟迟没有将书搞送去出版。直到他病重时，才由唯一的弟子雷体卡斯将书稿送至德意志的纽伦堡出版。其实哥白尼的选择和我们之前一直聊到的达尔文几乎一模一样，可见教会的力量是非常强大的，这些伟大的科学家们，根本不能在他们有生之年享受他们应得的荣耀。
也正是因为这些科学家不能在有生之年享受他们应得的荣耀，所以很多即便就是知道这个世界真相的人，根本就是缄默，从来不会向这个世界上的任何人说些什么，因为这就会激怒高层，然后招致杀身之祸，更为离谱的是，因为高层一直在灌输着便于他们束缚管理平民们的知识，其实已经把几乎整个世界的平民们全部变成了白痴！是真的白痴哦！他们连基本的转换思维逻辑都做不到。所以更多的明白人最终只能选择带着他无价的智慧埋于地下，从这一方面而论的话，世界高层肯定是因为他们的自私乃至喜欢穷奢极欲、荒淫无度的生活，间接的阻止了我们人类的进步。
但是像哥白尼这样的人就是伟大的，他即便有生之年无法享受这种荣耀，但他依然愿意为了科学的进步从而委屈他自己。至此到了一五二四年的五月二十四日，此时已经七十岁的哥白尼终于收到了《天体运行论》的样书，这个时候他的眼睛已经失明，根据历史文献记载的说法是，这个时候的哥白尼只是用手摸了摸这本样书的封面，就与世长辞。
《天体运行论》出版之后，果然就遭到了罗马教廷的激烈反对，立刻就将这本书列为了禁书，就连宗教的改革家马丁?路德也辱骂哥白尼是个绝对的傻子，居然想推翻《圣经》的权威论证。所以我们从这里也不难看出，幸亏哥白尼已经与世长辞了，若非如此的话，天知道这些人会怎么对待他呢，搞不好就是个活活被烧死。
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