更荒诞的是，尹嘉铨在一篇文章中写道“为帝者师”，本是表达自己希望成为帝王之师的理想，却被乾隆帝解读为“尹嘉铨自比帝王之师，目无君上，狂妄至极”；他在另一篇文章中称“大学士非宰相”，被认为是“影射朝廷设大学士是多余之举，诽谤朝政”。
这些牵强附会的罪名，将尹嘉铨彻底打入了“悖逆”的深渊。乾隆帝下令，将尹嘉铨的所有着作列为禁书，在全国范围内予以焚毁，凡收藏、刻印、传播其着作的人，一律严惩不贷。
家族株连，亲友门生遭殃
尹嘉铨案的株连范围极为广泛，其家族亲友、门生故吏皆未能幸免。尹嘉铨的儿子尹绍淳、尹绍修，因协助父亲撰写奏折、整理着作，被判处斩监候；其弟弟尹嘉钰，因与尹嘉铨往来密切，被革职流放；其门生故吏，如直隶举人李呈祥、山西秀才王尔扬等，因曾为尹嘉铨的着作作序、题跋，被剥夺功名，杖责四十。
此外，尹嘉铨的家产被全部查抄，包括房屋、土地、金银珠宝等，价值达数万两白银，这些财产被全部充公；其家族成员被逐出原籍，流放到边疆，过着颠沛流离的生活。
官员追责，官场震动恐慌
此案不仅株连了尹嘉铨的亲友门生，还追责了相关官员。直隶总督袁守侗，因未能及时发现尹嘉铨的“悖逆”言行，反而代为呈递奏折，被乾隆帝以“玩忽职守”为由革职查办，降为三品顶戴；保定知府、博野知县等地方官员，因对尹嘉铨的行为“失察”，被革职流放。
此案的审理过程，让满朝文武陷入了极度的恐慌之中。官员们深知，乾隆帝对“悖逆”言行的打击绝不手软，即使是退休官员，也可能因一字一句而获罪，甚至牵连家族亲友。此后，官员们更加小心翼翼，不敢随意发表言论，不敢着书立说，生怕因一时疏忽而招来杀身之祸。
四、案件判决：从宽处死与警示深意
乾隆四十六年（1781年）六月，尹嘉铨案审理终结。刑部根据审讯结果，判处尹嘉铨凌迟处死，其家族成员、门生故吏也分别被判处相应的刑罚。然而，乾隆帝却“法外施恩”，将尹嘉铨的刑罚改为绞立决，其余人等也相应减轻刑罚。
“从宽”处死，彰显皇权威严
乾隆帝之所以将尹嘉铨的刑罚从凌迟改为绞立决，并非出于仁慈，而是有着更深层的政治考量。一方面，尹嘉铨毕竟是退休的大理寺卿，级别较高，若处以凌迟这种极刑，可能会引起朝中官员的不满与恐慌，影响官场的稳定；另一方面，乾隆帝希望通过“从宽”处死，彰显自己的“皇恩浩荡”，同时也向官员们传递一个信号：即使犯了“悖逆”之罪，只要皇上愿意，也可以从轻发落，以此强化皇权的绝对权威。
乾隆帝在谕旨中写道：“尹嘉铨悖逆之罪，本应凌迟处死，但念其曾为朝廷效力，且年逾七十，故从宽改为绞立决，以儆效尤。”随后，尹嘉铨被押赴刑场，执行绞刑，结束了其悲剧的一生。
警示朝臣，恪守臣道本分
尹嘉铨案的真正目的，并非仅仅是惩治尹嘉铨个人，而是乾隆帝借此案向满朝文武发出的严厉警示，要求朝臣必须恪守臣道，杜绝非分之想。
首先，警示朝臣不得“妄自尊大、沽名钓誉”。尹嘉铨作为退休官员，本应安享晚年，却为了名利，公然违制请谥、请祀，最终落得身首异处的下场。乾隆帝希望通过此案，让官员们明白，名利是身外之物，必须安分守己，不得为了名利而触碰皇权的底线。
其次，警示朝臣不得“僭越礼制、目无君上”。清代等级森严，礼制是维护皇权统治的重要工具。尹嘉铨的行为，违背了清代的谥号制度与孔庙从祀制度，是对礼制的公然践踏。乾隆帝希望通过此案，让官员们明白，必须严格遵守礼制，尊重皇权，不得有任何僭越行为。
最后，警示朝臣不得“结党营私、图谋不轨”。乾隆帝认为，尹嘉铨请求为父亲从祀孔庙，可能有“结党营私”的企图，试图通过抬高父亲的地位，来拉拢人心，形成自己的势力。乾隆帝希望通过此案，让官员们明白，必须忠于皇上，不得结党营私，否则必将受到严惩。
五、案件影响：官场生态的剧变与文人的噤声
尹嘉铨案作为乾隆朝后期的一起重大文字案，对清代的官场生态与文化发展产生了深远的影响，进一步加剧了乾隆朝后期的政治腐败与文化沉寂。
官场生态：逢风拍马，明哲保身
尹嘉铨案后，满朝文武彻底被乾隆帝的高压政策所震慑，官场生态发生了剧变。官员们不再关注民生疾苦、国家发展，而是将重心放在了逢风拍马、明哲保身上。
为了避免获罪，官员们纷纷效仿乾隆帝的喜好，刻意迎合他的心意。乾隆帝喜欢诗词，官员们便争相学习诗词创作，献上大量阿谀奉承的诗作；乾隆帝喜欢书法，官员们便苦练书法，希望能得到乾隆帝的赏识。同时，官员们之间相互猜忌、相互倾轧，生怕被别人抓住把柄，告发自己有“悖逆”言行。
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