对于涉及边疆治理的奏折与朱批，如加强西藏管辖、平定准噶尔叛乱的奏折及雍正帝的批示，编纂团队重点收录，详细记录雍正帝维护国家统一、巩固边疆的决策与部署，展现其“守土有责、凝心聚力”的家国情怀。对于涉及民生安抚的奏折与朱批，如赈灾、兴修水利、推广农业技术的奏折及雍正帝的批示，编纂团队也予以重点收录，记录雍正帝“以民为本、勤政爱民”的执政理念，展现其对百姓疾苦的关切。
同时，编纂团队也十分注重朱批的思想性与可读性。雍正帝的朱批，语言朴实无华、直截了当，没有空洞的套话，却蕴含着深刻的治国道理与人生智慧。有的朱批是对官员的褒奖，如称赞田文镜“实心办事，不避嫌怨”，称赞李卫“缉私抚民，功绩卓着”，言辞恳切，充满期许；有的朱批是对官员的斥责，如斥责部分官员“贪赃枉法、敷衍了事”，斥责科甲官员“结党营私、阻挠新政”，言辞严厉，警示意味浓厚；有的朱批是对官员的叮嘱，如叮嘱驻藏大臣“安抚藏民、稳定疆土”，叮嘱地方官员“勤恤百姓、实心办事”，言辞恳切，充满关怀；有的朱批是对政务的指示，如指示“火耗归公”的推行细则，指示“摊丁入亩”的实施办法，条理清晰，操作性强。
编纂团队在整理朱批时，不仅保留了朱批的原文，还对部分晦涩难懂的内容进行了简要注释，对涉及的历史背景、政务事件进行了补充说明，既保证了原文的真实性，又方便读者理解。同时，他们按照时间顺序与政务类别，将朱批与奏折分类编排，使得整部着作结构清晰、条理分明，便于读者查阅与研读。
雍正十二年，《雍正朱批谕旨》的编纂工作基本完成，初稿共计一百二十卷，收录奏折两千余件，朱批数千条，涵盖雍正帝执政十三年来的各项政务，是一部集史料性、思想性、可读性于一体的巨着。张廷玉、鄂尔泰将初稿呈递给雍正帝审阅，雍正帝看罢，十分满意，称赞编纂团队“尽心尽责、功绩卓着”，并亲自为《雍正朱批谕旨》作序，在序言中写道：“朕临御以来，夙夜孜孜，勤求治理，凡中外臣工奏折，皆亲手批阅，字字皆出本心，无一虚饰。今辑录成册，刊刻传世，愿后世帝王能见朕之勤政，知朕之用心，恪守祖制，勤政爱民，以保大清江山永固；愿百官能见朕之期许，实心办事，忠诚报国，以辅大清社稷长治久安。”
序言撰写完毕后，雍正帝下令，将《雍正朱批谕旨》交由武英殿刊刻，采用最好的纸张、油墨，聘请技艺精湛的刻工，确保刊刻质量。刊刻过程中，雍正帝仍时常前往武英殿视察，亲自审阅刊刻样本，对字体、排版等细节提出修改意见，力求刊刻出的《雍正朱批谕旨》美观大方、字迹清晰。
雍正十三年，《雍正朱批谕旨》正式刊刻完成，共计一百二十卷，分装数十册，每册皆装帧精美，字迹清晰，成为清代乃至中国古代最具代表性的帝王朱批集之一。雍正帝下令，将《雍正朱批谕旨》颁发给王公大臣、地方官员、国子监及各地官学，要求官员们认真研读、深刻领会，将朱批中的治国理念与理政经验运用到实际工作中；同时，将部分刊刻本收藏于紫禁城文渊阁、盛京故宫等藏书机构，供后世帝王、学者研读。
《雍正朱批谕旨》的刊刻传世，产生了深远的影响。对于当时的官员而言，《雍正朱批谕旨》是一本“治国教科书”，里面蕴含着雍正帝的理政智慧、为官之道与治国方略，官员们通过研读朱批，能够明确雍正帝的执政理念与施政要求，学习田文镜、李卫等能臣的务实作风，从而更好地履行职责、实心办事。不少官员将《雍正朱批谕旨》随身携带，时常翻阅，将朱批中的教诲作为自己的为官准则，如直隶总督李维钧、河南巡抚王士俊等，皆深受朱批影响，实心推行新政、安抚百姓，成为雍正朝的能臣。
对于后世帝王而言，《雍正朱批谕旨》是一本“执政参考书”。乾隆帝继位后，十分重视研读《雍正朱批谕旨》，将其作为自己执政的重要借鉴，继承了雍正帝的新政与治国理念，进一步整顿吏治、发展经济、巩固边疆，推动康乾盛世达到顶峰。嘉庆、道光等后世帝王，也时常研读《雍正朱批谕旨》，学习雍正帝的勤政精神与治国方略，努力维护大清的统治。
对于后世学者而言，《雍正朱批谕旨》是一部极具价值的史料典籍。它真实记录了雍正帝执政十三年来的各项政务，涵盖吏治、经济、军事、文化、边疆治理等方方面面，是研究雍正朝历史、清代政治制度、清代新政的第一手资料。后世学者通过研读《雍正朱批谕旨》，能够深入了解雍正帝的执政理念、理政风格，了解雍正朝新政的推行过程与历史影响，了解清代中期的社会状况与边疆局势，为历史研究提供了丰富、准确的史料支撑。
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