在经历了那场令人难忘的神奇宝贝马拉松之后，小智正专心致志地在仪器中研究着那块崭新的进化石。这果然是属于杰尼龟一族的进化石啊！随后，小智小心翼翼地将这块进化石镶嵌在了一件装饰品上。他转头对小茂说：“小茂，把你的水箭龟召唤出来吧。”说着，小智将这件装饰巧妙地装在了水箭龟的尾巴上。
如果你们真的渴望让水质经历二次净化，那么你们必须达到人与神奇宝贝心意相通的境界，这绝非易事，你们必须付出诸多努力。
就在这时，皮卡丘似乎嗅到了一股熟悉的气息，它显得有些兴奋。怎么了？只见皮卡丘突然疯狂地向一个方向跑去。
“怎么了，皮卡丘？”小智疑惑地问道。就在这时，丛林中走出了一只带有龙系特征的神奇宝贝。皮卡丘兴奋地“皮卡皮卡”叫着，而那只神奇宝贝听到这声音，也转过头来。
哦，原来是这样。小智热情地打招呼道：“你好啊，戴龙妈妈。”戴龙也亲昵地将小智放在自己的口袋里，让他感受着妈妈的温暖。而旁边的小戴呢，也立刻认出了这是昔日的伙伴。
戴龙妈妈热情地拿出一些树果来招待小智和皮卡丘。这时，小茂和玉龙度也赶了过来，看到这一幕，他们不禁好奇地问道：“怎么回事？”
这时，旁边的淑女君莎也注意到了他们。她严肃地说道：“这里是神奇宝贝保护区，禁止进入，你们没看到吗？”君莎开始训斥这些人。
经过一番解释，君莎终于明白了事情的原委。她抱歉地说道：“抱歉，长官，我没事，你很尽责。”
就在这时，一股求救的声响传来，这是戴龙在求救。君莎立刻骑着摩托车赶了过去，并招呼大家一起跟过去看看。
“老大，这次我们要赚大了！”一个盗猎者兴奋地喊道，“这里居然有这么一大群快龙族群！在黑市里，快龙可是能卖个高价呢！”
“你们是什么人？”就在这时，君莎也赶到了现场。盗猎者头目看到君莎，惊讶地说道：“这不是君莎吗？怎么？我前几天才被你抓过，怎么这么快就出来了？”
“当然是被我刨出来的。”盗猎者头目狡猾地笑了笑，“这一批快龙，我们要定了吃点苦头！”盗猎者头目喊道。三合一磁怪和卡蒂狗立刻发出了重炮光泽和喷射火焰。
“快闪开，卡蒂狗！”小刚看到自己的女神受到伤害，忍无可忍地喊道。他立刻命令大岩蛇使用岩石封闭技能。
“真是烦人！”盗猎者头目恼怒地喊道，“该死的，去死吧！”说着，他直接发射了一发火箭弹。
小茂急忙拉开了小智。这时，盗猎者头目也注意到了小智，他疑惑地问道：“老大，你看那个小孩是不是和我们在黑市见的悬赏最高的小智啊？”另一个盗猎者拿出照片对比了一下，说道：“嗯，还有点儿像啊。等等，皮卡丘！戴着红色帽子！虽然小了一点，但应该是它！”盗猎者头目狠狠地说道：“不管了，宁可抓错也不会放过一个！”说着，他们准备向小智发射火箭弹。
就在这时，皮卡丘勇敢地站了出来：“上吧，雷公！使用十万伏特！”同时，它也准备使用铁尾破坏那些牢笼。
“我也来帮忙！”宝石海星喊道，并发出了水泡攻击。
快龙也毫不示弱地发出了破坏死光。大岩蛇则使用冲撞技能与敌人对抗。
看着形势不妙，盗猎者们吓得一股脑儿地溜了。
小智慌忙地望向小茂被爆炸冲击波掀飞的方向，心中暗自祈祷。拜托了，雷公，请帮我找到他。话音未落，小智便迫不及待地跃上雷公的背脊，朝着小茂落地的方向疾驰而去，他坚信小茂必定身受重伤。
“我也来帮你！”与此同时，在遥远之处，一股神秘的力量自小茂的护身符中涌出，将他紧紧包裹。这是何方神圣？小茂身处何地？
此刻，他正身处一片未知的领域，周围被愤怒的大针蜂团团围住。它们怒目圆睁，注视着自己脚下的巢穴，显然，是小茂无意间破坏了它们的家园。
“真是抱歉。”正当大针蜂准备向小茂发起攻击时，他急忙喊道，“我来帮你们重建巢穴，如何？”
就在这时，天空飘起了绵绵细雨，仿佛预示着即将有一场洪水肆虐。不久，大针蜂们也躁动起来，因为它们的巢穴建在一棵参天大树上，而大树旁已开始发生泥石流。
目睹大针蜂们奋不顾身地用身体阻挡洪水，小茂毅然决然地召唤出水箭龟。“没办法了，既然无法阻止洪水改道，那我就开辟一条新的水流通道。”
小猫注意到周围的缺口，对，就是那个！它命令水箭龟使用水泡攻击，击碎阻碍的岩石，从而改变洪水的流向。“水的力量啊，听从我的指挥！”随后，小茂借助水箭龟的能量，施展出非凡的水系技能。
见到人类竟然在帮助自己，周围的大针蜂也纷纷前来相助，释放出非弹针攻击。然而，这似乎仍不足以抵挡洪水的肆虐。
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