然而，几天之后，残酷的事实无情地击碎了他们的希望。马加爵的父老乡亲、恩师们，都陷入了深深的失望与痛苦之中。
2004 年 3 月 15 日晚上 7 点半左右，在海南省三亚市河西区，一个身影的出现，打破了多日的平静。那天晚上，三亚市公安局河西派出所民警胡崇军在所里当班。7 点多，有群众神色匆匆地来到派出所举报，称看到一个很像马加爵的外地人，坐在河边吃东西。胡崇军深知此事重大，为了不贻误战机，他来不及开车，迅速穿好警服，戴上一副手铐，便坐在举报人的摩托车后面，风驰电掣般地赶往现场。
当他赶到现场时，看到一个人正坐在地上，手里拿着一个破馒头，大口大口地啃着。随后，那人又从垃圾中捡起一块红薯饼，放进嘴里，慢慢地啃了一口，然后小心翼翼地放进塑料袋里包起来，装进了上衣口袋。胡崇军悄悄地走近那个人，见他穿着一身藏青色的衣服，脸上黑乎乎、脏兮兮的，头发蓬乱，如同一个流浪的疯子。
胡崇军离他不到一米，紧紧地盯着他，观察了十几二十秒。那个人似乎有所察觉，抬头看了胡崇军一眼，又低下头继续吃东西。胡崇军上前一步，问道：“你是哪里人呐？” 那人咿咿呀呀、含含糊糊地回答了一句，声音低沉而模糊，什么也听不明白。胡崇军接着让他出示身份证，那人却没有太多反应，拿起帆布袋就想走。
胡崇军见状，心中立刻警觉起来，他初步判断这个人并非疯子。于是，他一个箭步上前，按住那个人的右肩膀，限制他的行动。就在这时，同事们也赶到了，大家迅速对他进行搜身。一开始，那个人还想蒙混过关，什么也不说。但当从他身上搜出 2400 多元钱和复读机的时候，他的心理防线瞬间崩塌。胡崇军再次追问：“你是谁？” 那人沉默了片刻，终于低声说道：“马加爵。”
2004 年 3 月 16 号上午，经过指纹笔迹以及 DNA 鉴定，公安部 A 级通缉嫌疑犯马加爵的身份得到了最终认定。下午 2:30，一场备受瞩目的新闻发布会在三亚市公安局举行。来自三亚市公安局的统计显示，到场媒体超过 20 家。新闻发言人站在台上，神情严肃地宣布：“公安部 A 级通缉犯马加爵在三亚落网。”
3 月 26 号深夜，马加爵被警方秘密带回云南大学。在那间充满血腥与罪恶的 317 寝室里，他逐一还原了杀人经过。随后，他又向警方交代了令人震惊的杀人动机。
马加爵对警方说：“这个寒假我没回家，快毕业了，打算留在学校找工作。邵瑞杰和唐学礼他们过完春节，提前返校。我们几个平常关系很好，没事就在寝室里打牌。那天一开始也没什么，后来邵瑞杰怀疑我出牌作弊，我们俩人就发生了争执。邵瑞杰说：‘没想到连打牌你都玩假，你为人太差了，难怪公伯过生日都不请你。’杨开红也跟着说我人品不好，说我古怪，说我爱看 A 片。我当时心里特别痛苦，我们那么多年住在一间寝室里，我一直把他们当朋友，我真心朋友也不多，想不到他们竟然这么说我。吵完架散伙之后，我一个人躺在床上，心情低落到了极点，没人发现我情绪不好，我找不到人说话，我感到很绝望，觉得自己在云南大学一个朋友也没有了。我在学校混得这么落魄，都是他们几个在同学面前说我坏话导致的。我在远大这么失败，都是他们造成的。我恨他们，这种恨意一天比一天强烈，一连几天，我每天都在恨，我觉得必须要做这些事才能泄恨。我知道杀人偿命，我已经做好准备付出这个代价了。”
对于马加爵所说的这次争执和矛盾，他的一个同学却有着不同的看法：“那次打牌引起的矛盾，其实只是马加爵起意杀人的导火索。他进云南大学之后不久，就显得孤僻不合群，真正谈得上做朋友的，还真是只有那几个被他杀了的同学。大家都是来自农村的，可能更有共同语言，为了排遣孤独，马加爵在大二的时候，借钱买了一台二手电脑，经常上网看一些暴力、色情、恐怖的网站。”
他的另一名同学也评价道：“马加爵心里，总会有些莫名其妙的恨。一下子告诉我，在寝室里看碟子，别人没笑，他笑了，就被挖苦没见过世面，笑点低；一下子又说衣服穿旧了、穿破了，别人笑他装穷。像这些小事，他都记在心里边。那年寒假回家，他买了一个‘忍’字挂在床头上，下面还贴了一张小字条，写着‘宽宏大度忍为高，遇事三思乃英豪。流言蜚语由他去，忍气饶人祸自消’。”
最让马加爵痛恨的，还是那帮同样来自农村的同学们。他们的境遇并不比马加爵好多少，却总是揭他的伤疤。有一回，马加爵多喝了几口酒，亲口对一个同学发牢骚：“为什么他们可以去校外开房泡妞，自己不检点，反倒说我看黄碟猥琐呢？” 还有一回，马加爵最铁的哥们邵瑞杰，当着几个同学的面奚落他，说他偷偷到巷子里面找暗娼叫鸡，说他是伪君子。马加爵非常在乎别人对他的看法，他在和警方交代杀人动机的时候，多次抱怨：“我把他们当朋友，他们几个老在背后说我坏话，把我的生活习惯、生活方式，甚至是一些隐私都说给别人听，跟别人一起嘲笑我。”
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