在《湮灭》的故事中，三年前，一颗类似于陨石的物质落在黑水国家公园，然而，那并不是一颗陨石。
临近海岸的一座灯塔被一种命名为微光的未知存在所包围，而且三年的时间中，微光所覆盖的范围在不断扩大。
在此期间，针对微光所覆盖的区域被封锁，政府不断从陆路、水路，采用发射无人机，投放动物，以及人员小队进入其中，试图探寻微光的秘密，然而所有的一切都有去无回。
微光依旧在缓慢而又持续地向外扩张，丝毫没有停止的意思，似乎，只有整的地球全部被微观所覆盖后，这个过程才会停止。但是这个结果对于人类而言，是一场无法承受的灾难。
直到，在故事正式开始的时候，女主角莉娜的丈夫凯恩突然回到家中。
一年前，凯恩加入一直探索队伍进入微光所在区域，之后所有的人都失去了音讯，没有任何人知道那里面发生了什么。
只是突然回到家中的凯恩表现却很奇怪，他似乎忘记了很多事情，不知道自己这一年来做了什么，不知道自己去了哪里，甚至不知道自己怎么回到了家中。
回到家中不久，凯恩忽然开始吐血，救护车把凯恩送去医院的途中，一队训练有素的武装人员明目张胆地拦截救护车把凯恩带走，就连莉娜也被注射镇定剂后带走。
再次醒来的时候，莉娜已经出现在了一座基地之中，凯恩同样在这里接受治疗，而且被检查出多个器官衰竭，体内大出血，濒临死亡。
在这里，莉娜通过那里的负责人文崔斯得知了闪光的事情，还有自己丈夫的任务，而这座基地，就位于微光的边缘。
莉娜被文崔斯说服，加入了一个完全由女性组成的探索队伍，随后这支队伍进入微光区域。
直到进入这里之后，这些人才明白了微光真正的可怕之处。
电子仪器在这里依然可以使用，发射的信号却无法离开微光区域，因为它们全部都被折射了。
微光所覆盖的区域，就像是拥有着一个个特殊的棱镜。不同的是，这种棱镜似乎所有的东西都可以进行折射。不止是光和电子信号，所有动植物的dna也被折射到其它生物的身体之中。
所以，她们在那里见到了很多特别的生物。
长着鲨鱼牙齿的鳄鱼、开着不同花朵的藤蔓、能发出人类求救声的熊、鹿角上盛开着梅花的鹿、形态如同人类的植物。
这种折射同样也影响着进入微光区域的人类，比如，在前一个探索队中，有一个人体内的肠子变得如同蛇一般在不停蠕动，有的人时候变得如同某种霉菌。女主角所在的队伍同样无法幸免，进入微光区域后她们对时间的概念开始混乱，女主角莉娜在自己的血液中检查的其他生物的dna，物理学家乔西的手边开始生长出植物。
甚至于，微光的效果连人的思想都能够折射。
在这样的环境中，真的是可以把人逼疯的。事实也确实如此，经历了一系列的问题，一支无人队伍，最终到达灯塔的也只有莉娜和文崔斯。
在这个微光最核心的地方，莉娜再一次发现丈夫凯恩留下的录像。
在录像中，凯恩开启一枚磷弹自杀，并且在自杀前，对一个和自己一模一样的人说，让他去找莉娜，如果那真的是人的话。
凯恩早已经死去，莉娜所见到的那个，可以说，不过是一个看起来像是她丈夫的生物罢了。
当莉娜在灯塔内部照到先一步进入这里的文崔斯的时候，制造了微光的存在已经进入了文崔斯的身体，当那个存在从文崔斯身体离开时，文崔斯彻底消失不见，没有留下任何痕迹。
展现在莉娜面前的，是一个诡异的能量团，如同有着上帝的指纹之称的“曼德勃罗集合”。
这个能量团融合了莉娜的一滴血液之后，很快演化出一个体型如同莉娜的人形生物，这个特殊的生命模仿着莉娜的动作，并在很快之后变成外形没有任何差别的第二个莉娜！
最终这个和莉娜一模一样的生物，被莉娜使用一颗磷弹杀死，而火焰随后更是点燃了整个灯塔还有这里与微光有关的所有一切。
然后，困扰了人们三年之久的微光消失不见，莉娜回到基地，她的丈夫也在微光被毁掉的时候醒来。
似乎，所有的一切都随着一颗磷弹的点燃而回到正轨。
可惜，这表面上恢复的正常，在叶千狐看来，可能只是一种假象，在这之下所隐藏着的才是更加严重的危机。
莉娜的丈夫早已经死去，离开微光的那一个，不过是一个看起来很像的外星生物罢了。
即便它有着同样的外形，甚至是dna和思想都是属于凯恩的，但是叶千狐依然不觉得那就是凯恩，更不会觉得它是人类。
在物理学的概念中，湮灭的意思是，物质与其对应的反物质碰撞后消失，并产生光子等能量的过程。
而《湮灭》世界的微光，对于人类而言，似乎就对应了物理学中湮灭的概念。
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