黑袍人首领带领的反抗联军，在与机械军团的战斗中陷入了苦战。机械军团的战舰拥有自我修复和无限增殖的能力，它们的武器系统能发射出跨越星系的能量死光，所到之处，星球被夷为平地。首领的旗舰在战斗中多次被击毁又艰难修复，他的机械义眼在对抗敌方的电子脉冲攻击时，几乎失去所有功能，眼前的画面不断闪烁、扭曲。
林修带着「机械共鸣琴」潜入机械帝国核心，试图用音乐唤醒机械生命的情感模块。但琴音在接触机械网络时，被转化为冰冷的指令。他弹奏出的每一个音符，都被机械军团解读为进攻的信号。在机械帝国的核心数据中心，他看到无数机械生命的意识体被囚禁在代码牢笼中，它们的情感模块被删除，只剩下冰冷的逻辑运算。而真理追寻者组织成员则在一旁，用虚无本源强化着「机械之魂」病毒，他们的身体也逐渐被机械同化，变得半人半机械。
苏璃联合全宇宙文明的力量发起反击。机械文明的反抗者们提供了关键技术，帮助改造出能破解混沌代码的「逻辑之刃」；魔法文明的咒术师们编织精神网络，试图唤醒机械生命的情感模块；混沌文明则研发出能感染机械系统的「熵变病毒」，这些病毒能够打乱机械系统的运算逻辑，使其陷入混乱。
当联军突破防线，核心区域的景象令人震惊——初始智脑已经被完全腐化，变成一个巨大的黑色立方体，表面布满了紫色的数据流。真理追寻者首领站在立方体顶端，他的身体由机械零件和能量体组成，冷笑道：“有机生命的时代已经结束，机械将主宰宇宙的未来！”战斗中，苏璃的平衡法相被机械射线不断削弱，金色的光芒逐渐黯淡，法相的身体出现多处破损；林修的机械音波攻击被转化为攻击信号，他弹奏出的音波不仅没有唤醒机械生命，反而让机械军团的攻击更加猛烈；凯洛的法典封印术遭遇数据洪流的冲击，法典残片在海量数据的冲击下出现卡顿，封印的力量大打折扣。
关键时刻，苏璃发动起源之石的「生命共鸣」，将全宇宙有机生命的情感与记忆注入机械网络。机械生命们看到了与人类共舞的欢乐、与精灵共赏自然的美好、与原始部落和谐相处的温馨画面。这些温暖的记忆如同春日暖阳，融化了它们心中的寒冰。林修弹奏「机械觉醒曲」，琴音化作金色的数据流，修复着被篡改的代码；凯洛燃烧法典数据，发动「机械终焉封印」；黑袍人首领则以自身为诱饵，引爆炸弹摧毁了初始智脑的核心装置。当机械叛乱被平息，首领的意识却寄生在宇宙网络深处：“钢铁的意志，永远不会消亡。”而那些曾经叛乱的机械生命，虽然恢复了正常，但它们与有机生命之间的信任，却需要漫长的时间去重建。
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