所以叶向高认为，在此次部院和内阁的斗争之中，重点是都察院，都察院对于此事的反应确实是极为强烈的，因为都察院在京察大计中的权力没有法令予以保障，始终存在的不稳定性。
都察院的参劾、拾遗等事项，毕竟是要经过吏部才能够形成黜陟官员的命令，所以在京察之中，都察院的作用大小其实很大程度上取决于吏部是否采纳都察院和吏科的意见，所以科道对于内阁的介入自然是极为反感的，因为吏部本身就对都察院构成了很大的制约。
要是内阁在介入到京察大计中来，科道的话语权将会进一步的降低，因为现在内阁本来就是强势机关，连吏部都要在很多事情上听内阁的命令，一旦当科道的意见和内阁的意见发生冲突的话，吏部听谁的其实是一个不言而喻的事情，毕竟现在内阁的权力是远远高于科道的。
所以叶向高认为，要想平息此事，主要是在科道，而解决科道对于此事的反弹，重点就是要明确科道在京察当中所扮演的角色和权力的划分，这点是一个极为重要的事情。
朱载坖对于叶向高的这个思路还是很赞同的，科道是大明朝廷重要的监察机关，朱载坖认为，科道必须有相当的权力才能够履行在京察和大计中的监察职务，所以此事的重点是既要保障科道在京察大计中有效的履行监察职务，同时也要给科道的权力行使划定界限。
这点是极为重要的事情，朱载坖御极三十年以来，对于科道的态度是经历的大的转变的，朱载坖即位之初，对于科道采取了极为严厉的政策，严厉打击科道言官，不许科道出位妄言，主要是因为当时在徐阶的纵容之下，科道已经是非常之猖狂了，科道言官甚至能够影响内阁的决策，这是朱载坖所绝对不能允许的。
所以在当时，朱载坖对于科道采取了严厉的抑制态度，因为当时朱载坖准备大刀阔斧的进行改革，而在这种情况下，朝廷必然是要求团结一致，排除一切的杂音，所以朱载坖严厉制止了科道，但是随着改革和新政的推行，尤其是开海之后，朝廷的财政得以好转之后，吏治就成为了大明朝廷最重要的事情。
为了整顿吏治，保障朝廷的行政效率，朱载坖必须依靠科道等监察机构，所以在改革之后，朱载坖反而放宽了对于科道的限制，大幅度的增加了都察院等监察机构的权力，加强了对于地方和朝廷各衙门的监察，最显着的表现就是监察御史和给事中的数量大幅度的上升，同时巡按御史派出的数量和频率都远远超过前朝。
不过现在在科道的权力扩张之后，朱载坖也感觉到了其中的弊端，就是监察权和行政权的混同，或者说是监察权的行政化，这点是朱载坖现在最担忧的问题。
朱载坖和叶向高讨论完了京察大计之后，也询问了叶向高对于此事的看法，朱载坖问道：“叶科长（都给事中别称），分天下以为三十六郡，郡置守、尉、监。又以刺史以六条问事绳之，夫秩卑而命之尊，官小而权之重，此大小相制，内外相维之意也。然刺史权重，凌驾州郡，此何以解之。”
朱载坖对于西汉刺史职权的扩大，显然是十分的警惕的，以西汉为例，原本刺史是朝廷派驻地方的专职监察官，若常驻地方，虽便于严密审视郡政，却有“地方化”的风险。
汉代设立刺史，要求刺史每年八月出巡地方，年底回京奏事。到东汉初，就不再回京奏事，完全“地方化”了。刺史监察地方虽然便利，但随着刺史与地方政务的联系日益紧密，朝廷对刺史的控制便随之松弛。刺史部(州)最后发展成为郡以上的一级地方行政机构，正肇端于其地方化。
叶向高当然知道朱载坖的意思，朱载坖问的不是汉武，而是大明，因为现在大明也出现了西汉的这个问题，在大明初年，地方就是三司，即都指挥使司、承宣布政使司和提刑按察使司，三司分权，消除了地方对于朝廷的威胁，但是很快新的问题就出现了。
大明的这个操作，其实也不是什么新花样，历代朝廷常常分割地方事权，将军事、民政、财政、司法诸权分授不同的官员并使之互不统属，各自平行隶属于中央的相应上级，以使其相互牵制。
然而这样的体制往往极无效率，平时政出多门，终日扯皮，一旦有事则相互推诿，甚至造成地方官府职能瘫痪。于是不得不另设一首长总掌诸政，统一事权。然而这样又导致尾大不掉，威胁中央集权，不久又不得不再度分权。
在之前的历代，这种事情总是不断地发生，秦汉时的郡一级本是分权的：郡守掌行政、郡尉主军事、监御史管司法与监察，“三权分立”而互不相属。
然而到东汉至隋，州刺史（州牧）便大权独揽，兼统军民，自专财政与司法，俨然一方之土皇帝。甚至到了唐末五代，酿成了藩镇之乱。
两宋惩唐末五代之弊，在路一级分设帅司（安抚使）、漕司（转运使）与宪司（提点刑狱使），路下的州军又设通判以分知州知军之权，将地方权力尽可能的割裂，这样确实是保证了没有藩镇之祸，但是也导致了两宋对外的极度软弱，因为这种体制下，朝廷行政效率低下，难以极重支援应对战争，只能够采取守内虚外的措施。
到了元代之行省，事权再度集中，行省平章为一省军民之共主，据地自雄，早在元中叶便发生了诸行省军互相攻伐的“天历之乱”，元末更酿成了行省军阀群雄割据之局。于是本朝惩前元之弊，再度采取分权的措施，也就是在地方的三司分治措施。
但是很显然，这种制度行政效率低下，加之本朝制度本就比较粗疏，到了天顺以后就难以维持了。
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