朱载坖很清楚大明最大的问题就是保守，这点朱载坖早就发现了，大明不管是官员还是文人，都是比较保守的，他们认为大明这块土地就是最好的了，其他地方不过都是些蛮荒之地，所以很多人对于大明大规模去开疆拓土其实是很反对的，朱载坖在这次的恩科和制科中所出的考题都是天下大治之道。
应试的考生们所回答的主要方面都是在于内政，要是休养生息，宽以待民，发展生产等等，朱载坖从不否认内政的重要性，事实上朱载坖也非常重视内政，即位二十年以来，朱载坖也说得上是孜孜求治了，实行了各种新政，但是从这两次考试的反应来看，虽然大明采取了开放海禁的政策，大明和南洋、西洋有了接触，但是整个大明的士子阶层仍旧是相对保守的，这点是朱载坖现在比较担心的问题。
朱载坖并没有立即解决此事，朱载坖原本以为，随着大明实施开放海禁的政策，整个国家的风气会变得更加开放，现在看来，朱载坖将此事想的过于乐观了，整个大明的社会风气仍旧是非常保守的，尤其是这些官僚们，作为大明统治阶级，尽管开海给大明带来了巨大的利益，但是在官员看来，主要就是增加了朝廷的税收，至于向外走出去，在这些官员们心中是完全没有想过的。
这也是朱载坖现在最担心的问题，虽然朱载坖作为皇帝可以强行推动大明实施各种对外开放的政策，但是朱载坖很清楚，人亡政息的风险是始终存在的，虽然以现在海关关税在大明朝廷开支中占据的比例，在闭关锁国显然是不现实的，但是官僚阶层的保守是朱载坖所不愿看到的。
所以朱载坖在剩下的日子里要改变的就是大明的风气，重用能够为大明开疆拓土的臣子，改变大明官场保守的气氛，同时建立起完善的动员体系。
之前张居正等臣子向朱载坖所言的有关卫所分布的问题，也是朱载坖一直比较关注的问题，朱载坖命令兵部和五军都督府对于天下的卫所进行统计，对于卫所的制度进行调整，原本大明的卫所从权力大小上来说主要分为实土卫所和非实土卫所。
所谓实土卫所，就是指设置于未有正式行政区划地域的卫所。最简单的例子就是原本的辽东都司和陕西行都司，这两个地方都是只有卫所而没有州县，所以卫所就接替了州县的作用，其长官上马管军下马管民。卫所权力极大，还有一些是名义上在府州县境内，但又占有大片的土地、人口，足以同府州县相颉颃，这些卫所卫所多分布于边区或少数民族聚居地。
这一类主要分布在沿海和内陆边区。举个简单例子，沿海方面，山东都司成山卫位于文登县境内，但是直接管理着沿海的大片面积领土，山西都司大同左卫、云川卫同治于一城，名义上是属于大同府的，但实际上则是这两个卫直管，在这些地方，卫所长官权力极大，地方官员是难以插手的。
而非实土卫所的权力就要小得多了，卫所治地有府州县，且后者的土地和人口占有绝对优势。这种卫所不能作为地方行政区域来看，主要包括内地、在京的卫所，这些卫所虽然有自己的屯田土地，但是无权管辖除却自己卫所军户之外的人。
朱载坖认为卫所权力的过大并不是好事，大明开国时的那一套对于卫所的管理办法要予以改变了，在朱载坖的严厉整顿之下，卫所军屯的被侵占现象得以减少，卫所士卒的员额也进行了核实，但是之前对于卫所，朱载坖并没有进行大规模的进行改革，因为朱载坖很清楚，卫所作为大明的基础政策，所牵涉的面是极广的，涉及到的人也是很多的，一个不注意，就要整出大事来的。
当年武宗朝整理军屯，直接引发了安化王叛乱，这可不是小事，所以朱载坖一直没有动卫所，仅仅是将现有军屯予以统计，同时规定军屯民田一体起科，减轻了军户的负担，但是现在朱载坖认为对于卫所制度应该有所改变的。
卫所制度确实是有好有坏，对于朝廷来说，卫所制度是一种最简单的控制人口的办法，朝廷通过卫所，不仅仅是控制卫所军士，更是将卫所军士的家人都予以控制了，通过卫所，朝廷可以直接获得大量的人口，而且这些人口直接由朝廷控制，无论是调动去移民实边，还是屯垦，都是极为方便的，朱载坖就是利用了卫所的这个优势，将大量的卫所调出，用于控制新收复的领土。
除此之外，卫所还是朝廷镇协官军的主要兵源来源，虽然镇协官军主要是募兵而来的，但是各镇的大将们在选择兵源的时候，还是偏重于卫所出身的兵员，因为卫所出身的兵员，有的有一定的军事基础，训练起来要容易一些，其实还有一个重要的原因，就是这些卫所出身的士卒，有家有口在卫所，不容易逃亡或者叛变，毕竟他们有家有口，一旦叛变，朝廷可以处理他们的家人，所以各镇的军官们普遍愿意从卫所军士中挑选兵员。
除了这两种卫所之外，还有一类特殊的卫所，就是亲军上直卫，这是不隶属于五军都督府的卫所，直接听命于皇帝的亲军卫所，如在京师的亲军二十六卫，除了锦衣亲军被升格为锦衣都司之外，其余的亲军诸卫虽然是卫所编制，但是实际上是脱产全训部队。
除此之外还有南京和中都的留守诸卫，金吾前后左右卫、羽林左右前卫、府军卫、府军左右前后卫、虎贲左卫、锦衣卫、旗手卫、江淮卫、济川卫和中都留守司，都是不隶属五军都督府，直接由皇帝指挥的卫所，不过他们都是非实土卫所。
对于这些卫所，应该进行怎么样的改革，朱载坖还没有一个妥善的办法。
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