东厂入内即摆设大幅岳飞画像，提醒东厂缇骑办案毋枉毋纵。
锦衣卫的首领称为指挥使(或指挥同知、指挥佥事)，一般由皇帝的亲信武将担任，很少由太监担任。属于外臣。而东厂、西厂的首领是宦官，即内臣。
在与锦衣卫的关系上，东厂后来居上。由于东厂厂主与皇帝的关系密切，又身处皇宫大内，更容易得到皇帝的信任。锦衣卫向皇帝报告要具疏上奏，东厂可口头直达;皇帝还赋予东厂督主以监督锦衣卫人员的权力。东厂和锦衣卫的关系，逐渐由平级变成了上下级关系 。在宦官权倾朝野的年代，锦衣卫指挥使见了东厂厂主甚至要下跪叩头。
明朝后期，阶级矛盾、民族矛盾、统治集团内部矛盾日益激化， 封建专制的皇权面临严重危机，腐败无能的明熹宗重用宦官魏忠贤，终于把中国历史上的宦官专权推到登峰造极的地步。无赖出身的魏忠贤，万历时为宦官，侍奉皇孙朱由校，很得宠幸。由校即位，是为熹宗，目不识丁的魏忠贤竟然升任司礼监秉笔太监!他在宫内选会武艺的宦官组成一支万人武装队伍，作为羽翼；在外收罗一大批无耻官吏作义子走卒，人称"殉"。文臣有崔呈秀等"五虎"，武将有田尔耕等"五彪"，还有"十孩儿"、"四十孙"等，"自内阁、六部至四方总督、巡抚，徧置死党"(《明史·魏忠贤传》)。他秉笔批红，掌握朝政，从首辅至百僚，都由他任意升迁削夺;他握有军权，可随意任免督、抚大臣;他也握有经济大权，派亲信太监总督京师和通州仓库，提督漕运河道，派税监四出搜括民财。"内外大权一归忠贤"(《明史·魏忠贤传》)。他出门的车仗，形同皇帝，所过之处，士大夫都跪在道旁高呼九千岁。殉和无耻官吏还竞相在各地为他修建生祠，一祠耗银数万乃至数十万两，祠成后，地方官要春秋祭享，官、民入祠不拜者论死。魏忠贤专权时，厂卫特务更是空前嚣张。
熹宗启三年(1623年)，他自任东厂提督;锦衣卫的都督，则是他的干儿子田尔耕。厂卫勾结，大兴冤狱，残害异己官吏，勒索钱财，暴虐百姓。"民间偶语，或触忠贤，辄被擒戮，甚至剥皮、刲舌，所杀不可胜数，道路以目"(《明史·魏忠贤传》)一次，京城四个平民在密室夜饮，一人酒酣耳热，大骂魏忠贤，其余三人不敢出声。骂者话音未了，突有隶役数人冲入，捉四人面见魏忠贤，魏下令将骂人者当场剥皮，另三人赏钱放回。生还者吓得魂飞魄散，险成疯疾。魏忠贤肆虐专政七年，使明末各种社会矛盾更加激化，加速了明王朝的崩溃。思宗即位后，虽然逮捕了魏忠贤，罢逐了殉，但积重难返，他仍然任宦官、倚厂卫，还振振有词地埋怨大臣:"苟群臣殚心为国，朕何事乎内臣"(《明史·宦官传》)，就这样直到明朝灭亡。
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