冯云山刚回到广州城没多久，便收到从芸南传来的加急军情快报。
去年底，李开芳率领甲二师一万余名将士，陆续占领了芸南南部的广南府、开化府、临安府、芸南府，围攻昆明城。
罗琼树率领甲六师和乙十七旅一万六千人，陆续占领廣西州、曲靖府、东川府、武定州和楚雄府等地，同李开芳合围昆明城。
云贵总督恒春和芸南巡抚吴振棫领兵一万五千余人，加上团练勇壮近万，合计2万五千人，紧守昆明城。同时，他们一方面向京师报急求救，另一方面，又向相隔数百里的大理城内的新任芸南提督文祥求援。
芸南提督文祥率领本提标兵和楚雄协，会同鹤丽镇总兵领着八千余清兵，刚从大理行军至楚雄府，攻占了被讨虏军夺取的楚雄府城，忽然大理发生回民暴乱。
一名叫杜文秀的回民，在大理城南不远的蒙化带领一帮回民发动起义，攻占了蒙化城，一天之内，大理府境内多处回民起兵响应，杜文秀率领近千名回勇前往大理，趁着大理城内的清兵空虚之际，与各路回民义军一道，一举占领了大理城。
冯云山看到这里，不禁一阵苦笑！
这段历史，他其实是知道的。只不过，这杜文秀率领的回民起义之事，好像提前了。而且，还因为他的原因！
冯云山仔细一想，还真是跟他下令讨虏军攻占芸南，抢占铜矿脱不开干系。
今年初，由于讨虏军一路攻占芸南东边的各州府，滇东各州府清军纷纷逃往芸南府昆明城以及滇西的大理府等地，造成大理府境内等滇西一带清兵流民为患，本地回民与清兵的矛盾越来越大。
这便为回民作乱起事提供了充分的土壤。
根据李开芳等人传来的情报，加上自己知道的历史情形，对于杜文秀此人，冯云山已经非常了解。
此人回族富商家庭出身，他自幼勤奋好学，13岁即通晓儒家典籍，14岁考中秀才，16岁补廪膳生员。但在他22岁那年，他的老家永昌府保山县发生了一起著名的“保山惨案”！
当时，保山县城郊的一个村庄里，有一回一汉两个少年，唱歌互答，嬉闹作乐，汉族少年的一句歌词伤害到了回民的感情，两人发生口角，接着打起架来。
这本是一件微不足道的小纠纷，但这一小纠纷被汉族的地主帮会势力“香把会”利用，借机火上浇油，激化矛盾，挑起了回汉两族大规模的械斗。接着械斗升级，双方互有伤亡，“香把会”头目沈聚成手段越来越残忍，组织人马下令捣毁了回民的清真寺，放火焚烧了回民的房屋，乘机烧杀掳掠，回民死亡近千人。
紧接着，保山官府与“香把会”勾结，对保山城内的回民进行屠杀，四千多回民几乎被屠杀殆尽。
杜文秀因在蒙化，躲过一劫，但他全家十五口在这场大屠杀中几乎全部遇难，未婚妻也被县令的儿子抢去。
杜文秀进京告状，朝廷虽派林则徐来处理，却轻轻放过，敷衍了事。而杜文秀反而因为告状，被芸南官府所记恨，将之陷害入狱。出狱后，太平天国起义爆发，随即，南王冯云山占领两广，整个满清风雨飘摇。杜文秀就此在蒙化暗自准备反清。
今年初，由于滇东的大部分州府都被讨虏军占领，原本在滇东开采铜矿的汉族官商被迫迁移，逃至滇西等地，于是，多地发生汉绅霸占回民铜矿的事情，汉回矛盾急剧恶化。汉族官绅都把持着地方的团练武装，再加上与官府本又是一体，于是，各地汉族团练焚劫回民村寨，而云贵总督恒春也密令各地“聚团杀回”。
杜文秀一看起义时机来临，加上大理清军兵力空虚，便迅速发动起义。
占领了大理城的杜文秀等回民武装，声势浩大。他自号“总统兵马大元帅”，下令废除清朝年号，用甲子纪年，改用明朝衣冠，旗帜一律用白色，建立大理大元帅府。
短短二个月时间，杜文秀回民义军便攻占大理府、丽江府、永北厅、腾越厅、永昌府、蒙化厅、顺宁府、景东厅等州府，回民义军达到30余万。而且，还在不断的增加。
芸南提督文祥来不及救援昆明城，率兵返回大理府，准备收复大理。不料，被人多势众的回民义军团团包围，被杀得惨败，鹤丽镇总兵也被击毙，只剩下芸南提督文祥率领三千余绿营兵逃回楚雄府城。
而这时，李开芳和罗琼树两人正好率领讨虏军甲二师、甲六师一起近二万余将士围攻昆明城。
城内的云贵总督恒春原本是想据城坚守，盼望着芸南提督文祥率兵来援。这时发现文祥又被回民义军击败，朝廷对整个芸南已经完全失去控制，他自知难以交差。即便坚守昆明不失，可作为云贵总督，芸南都几乎全部被占，他仍旧是死罪难逃。于是，犹如历史上一样，心理素质弱的云贵总督恒春，在忧愤和绝望中和其夫人一道，上吊自尽了。
这时剩下的最大官员便成了芸南巡抚吴振棫。
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