梁立泰率领的步兵第四师顺利和石达开在阿里玛图堡会师。中华帝国兵力大涨，在西疆一带总兵力达到近4万人。
考虑到阿里玛图堡的地理位置，而且堡垒易守难攻，石达开下令在此留二千兵力驻守，随时支援伊犁河下游的巴尔喀什湖。同时，石达开在攻占阿里玛图堡之后，在此坐镇了半个多月。在这期间，他派出石祥祯、罗琼树等人四下征讨，陆续将巴尔喀什湖东北部的科帕尔堡、锡尔河中下游的多处俄军要塞占领。
这时，咸海四周和锡尔河下游流域的哈萨克百姓掀起了一轮新的暴乱，反抗统治他们的哥萨克军队。在以咸海西部的谢克特部落为首的带动下，轰轰烈烈的武装起义爆发了。
其实，哈萨克的谢克特部落早在五年前便开始爆发起义，但在去年，被西西伯利亚总督派出两支二千余人的哥萨克军队镇压起义，哥萨克军队便在整个咸海一带发动了惨绝人寰的大屠杀，将原本10余万人的谢克特部落杀到只余6万人，谢克特部落青壮被彻底铲除。但如今在中华帝国击败俄罗斯军队的消息传开之后，谢克特部落剩余的壮丁又开始活跃起来，他们派来使者，向石达开朝拜，请求获得中华帝国的支持和庇佑。对于送上门来的帝国小弟，石达开当然是欣然接受，他提出抗议售卖一些多余的武器给谢克特部落。于是，将从各处缴获的落后的俄罗斯火器都赊给了谢克特部落，以至于谢克特部落势力大涨。
很快，谢克特部落又联合咸海和锡尔河流域的其他哈萨克人，四面出击，趁势攻占沙俄的各处岗哨和堡垒的哥萨克军队。由于沙俄在中亚地区的兵力本就不多，加上与中华帝国几番交战之后折损不少，仅剩的数千兵力又分散在各地岗哨和堡垒，顿时，被暴乱的哈萨克人接连攻占，很快，除了少数几座坚固一些的堡垒之外，其余原本哈萨克大中两个汗国领地，基本都将沙俄势力清除出去。
而石达开这边，留梁立泰这位新疆总督继续坐镇阿里玛图堡，他亲自率领一万余名讨虏军和一千锡克骑兵前往浩罕，随后，他只留三千士兵随同自己镇守浩罕城，转而让石祥祯、罗琼树两人分别领兵一万出征布哈拉汗国。
五天后，石祥祯领兵袭击了尼亚兹别克要塞，在接下来的十来天里，又陆续占领了布哈拉的伊尔贾尔、霍占德和纳乌三地。石祥祯按照石达开的指令，向布哈拉汗国提出向中华帝国称臣朝贡的要求。此时的布哈拉国力孱弱，无力抵抗讨虏军的进攻，但他们看见浩罕汗国的下场，知道这个东方的帝国野心勃勃，如同沙俄一样，最终目的是吞并国土，因此拒不接受。石祥祯愤而继续发动攻击，不久，乌拉—秋别、吉扎克、养吉库尔干等城相继被俄军占领。
最后，石祥祯率领上万军队包围布哈拉汗国的最为重要的都城撒马尔罕，在哈萨克的使者进城劝说之下，布哈拉汗国被迫无奈，答应投降归顺中华帝国。
而就在西疆的讨虏军将士四处征战的时候，石达开也没有在浩罕城中闲着。他已经派人向远在万里之外的中华帝国皇帝冯云山写奏章，建议将原本的浩罕汗国和布哈拉汗国以及哈萨克贵族愿意让出来的锡尔河中游地区组成一个新的省份，并尽快委派官员前来治理。
还有一点，石达开注意到，讨虏军要想在这西疆扎下脚跟，必须要有足够在军队才行。而要建立长期驻军，就要有充足的补给，特别是火器弹药之类的消耗大而运输困难的军用物资，罗琼树坚守喀什噶尔城差点被攻破，就是因为弹药没有了。这个教训必须要吸收。因此，石达开准备在地理位置最为合适的浩罕城开设一家简单的兵工厂，重点制造火药、子弹、炮弹等消耗性物资。石达开相信，有了足够的火药和弹药，固守坚城便会容易得多。他仔细看了看，这俄国人修筑的堡垒，墙壁低厚，在险要地形之上建立起来的成五边形的要塞，还真和中华帝国的城池不一样，易守难攻，无论从哪个方位进攻，都会遭到攻击，要不是实在兵力相差太悬殊，阿里玛图堡这样的堡垒要真的强行攻占，只怕要战死不少将士。而有了火药和粮食，加上这等堡垒，就能彻底将这块疆土拱卫下来。
石达开原本想过向皇帝建议，就近在西疆一地建设一座大型的兵工厂，但考虑到内地的兵工厂都才刚刚兴建完成，机器设备和技术工人都非常紧缺，暂时先把火药和弹药问题解决吧，等过几年，边疆稳定下来，帝国有余力向外进一步拓展了，肯定会在西疆办一家大型的兵工厂，毕竟一直靠从内地万里迢迢运来，后勤压力太大。
石达开从新疆总督梁立泰那边了解到，原本攻占伊犁地区之后，经过二年多时间的开发和近30万的移民，目前已经新开荒60多万亩耕地，可开垦的耕地上千万亩。加上原本满清手中开垦的90多万亩土地就能解决原本数十万人口的口粮，因此，整个西疆一带，仅仅凭借天山以北的伊犁河上游地区的耕地，已经完全能解决新移民的口粮问题。
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